下面对照南朝和隋唐的史料和评价。
南朝檀道鸾的史书《续晋阳秋》言：“帝性温深，雅有局镇。尝与太宰、武陵王晞，桓温同乘至板桥，温密敕令，无因而鸣角鼓噪，部伍并皆惊驰。温佯为骇异，而晞大震惊，急求下车，帝举止自若，音颜色不变，温每以此称其德量。故论者谓服惮之深，若假帝修年，则温篡逆之图绝矣。”
刘宋时刘谦之《晋纪》中载谢安为简文帝所作的谥议：“谨案《谥法》：一德不懈曰‘简，道德博闻曰‘文。易简而天下之理得，观乎人文，化成天下。仪之景行，犹有仿佛。宜尊号曰‘太宗，谥曰‘简文。”
（唐）《晋书帝纪第九》：“温既仗文武之任，屡建大功，加以废立，威振内外。帝虽处尊位，拱默守道而已，常惧废黜。先是，荧惑入太微，寻而海西废。及帝登阼，荧惑又入太微，帝甚恶焉。时中书郎郗超在直，帝乃引入……帝谓之曰：‘致意尊公，家国之事，遂至于此！由吾不能以道匡卫，愧叹之深，言何能喻。因咏庾阐诗云 ‘志士痛朝危，忠臣哀主辱，遂泣下沾襟。帝虽神识恬畅，而无济世大略，故谢安称为惠帝之流，清谈差胜耳。沙门支道林尝言‘会稽有远体而无远神。谢灵运迹其行事，亦以为赧献之辈云。”
《南史梁元本纪》：“（梁元）常自比诸葛亮、桓温，惟缵许之。”
《搜神后记》写“温方谋问鼎，闻之怅然。故以戒惧，终守臣节。”
（唐） 《晋书桓温传》：“废主以立威，杀人以逞欲，曾弗知宝命不可以求得，神器不可以力征。岂不悖哉！岂不悖哉！斯宝斧铖之所宜加，人神之所同弃……”
可见，南朝时，他俩总体还是比较正常的形象。但是唐朝重修晋书，由于新时期的需要，把桓温定性成乱臣贼子，唐修《晋书》通过史料裁剪和文字渲染，让人感觉桓温乱政，而简文帝软弱无能，管不住桓温。
事实上，司马昱活着的时候，桓温根本没造反。司马昱去世后，桓温倒是谋划发动政变篡位，但也没真下手，不久便病死了。