下面对照南朝和隋唐的史料和评价。
南朝檀道鸾的史书《续晋阳秋》言：“帝性温深，雅有局镇。尝与太宰、武陵王晞，桓温同乘至板桥，温密敕令，无因而鸣角鼓噪，部伍并皆惊驰。温佯为骇异，而晞大震惊，急求下车，帝举止自若，音颜色不变，温每以此称其德量。故论者谓服惮之深，若假帝修年，则温篡逆之图绝矣。”
刘宋时刘谦之《晋纪》中载谢安为简文帝所作的谥议：“谨案《谥法》：一德不懈曰‘简，道德博闻曰‘文。易简而天下之理得，观乎人文，化成天下。仪之景行，犹有仿佛。宜尊号曰‘太宗，谥曰‘简文。”
（唐）《晋书帝纪第九》：“温既仗文武之任，屡建大功，加以废立，威振内外。帝虽处尊位，拱默守道而已，常惧废黜。先是，荧惑入太微，寻而海西废。及帝登阼，荧惑又入太微，帝甚恶焉。时中书郎郗超在直，帝乃引入……帝谓之曰：‘致意尊公，家国之事，遂至于此！由吾不能以道匡卫，愧叹之深，言何能喻。因咏庾阐诗云 ‘志士痛朝危，忠臣哀主辱，遂泣下沾襟。帝虽神识恬畅，而无济世大略，故谢安称为惠帝之流，清谈差胜耳。沙门支道林尝言‘会稽有远体而无远神。谢灵运迹其行事，亦以为赧献之辈云。”
《南史梁元本纪》：“（梁元）常自比诸葛亮、桓温，惟缵许之。”
《搜神后记》写“温方谋问鼎，闻之怅然。故以戒惧，终守臣节。”
（唐） 《晋书桓温传》：“废主以立威，杀人以逞欲，曾弗知宝命不可以求得，神器不可以力征。岂不悖哉！岂不悖哉！斯宝斧铖之所宜加，人神之所同弃……”
可见，南朝时，他俩总体还是比较正常的形象。但是唐朝重修晋书，由于新时期的需要，把桓温定性成乱臣贼子，唐修《晋书》通过史料裁剪和文字渲染，让人感觉桓温乱政，而简文帝软弱无能，管不住桓温。
事实上，司马昱活着的时候，桓温根本没造反。司马昱去世后，桓温倒是谋划发动政变篡位，但也没真下手，不久便病死了。

至于司马昱临终前曾写下的让桓温摄政的诏书，《纲目续麟》是这般论述：
《纲目续麟-明-张自勋卷十》：按帝前闻荧惑守舍，方甚恶之，语郗超曰，修短固所不计，得无复有近日事邪(谓废奕立己)。又诵庾阐诗(诗云：志士痛朝危，忠臣忧主辱)，泣下沾襟。 由此观之，帝之初诏非真欲尔也，特为此以激诸臣耳。
桓温在外，近臣必不敢取。帝舍近臣，而独与温，则近臣亦必不从，而孝武之位，安若泰山矣。此固简文之深意为当日诸臣所未窥者。
使诚有禅位之心，则一日四诏，岂无密语可授，温乃望之而复辞不至邪？
且帝虽受立于温，未尝以得国为喜，观即位之初，温欲陈述本意，帝惟泣下，温竟不能言而出。及温固请诛晞(武陵王晞，好习武事，温忌之，表免其官，有司承温旨，请诛晞。帝诏曰：“悲惋惶怛，非所忍闻”)，帝又曰：“若晋祚灵长，宜奉行前诏；如大运去矣，请避贤路。”欲禅位者，顾能惴惴以晋祚为心邪？
所云傥来之运，盖明示己为温所立，温亦欲得而居之尔。
在当时或以为帝之乱命勋，则以是为深于托孤者也，至改诏必谓如武侯故事，温益凛凛不敢有异志矣。虽然方帝崩之时，群臣请须大司马处分。倘非彪之正色数语，帝又何以自解于后世哉？
司马昱基本是想和桓温君臣相安无事共处一世的，但是把江山给桓温那是不可能的。毕竟，桓温又不是他儿子。

另外，某些文章说司马昱当皇帝后，受辱，处处受屈。我对此表示汗颜。
司马昱即位后，虽然过得不是很好，心理压力大，犯文青病，吟诗说“忠臣哀主辱”，但他根本谈不上受辱啊，连处处受屈都谈不上，顶多也就有些受屈。读者可以稍微想想。司马昱是被桓温废了呢？还是被桓温架空了？
怀、愍二帝才是受辱（非贬义，殉社稷了）吧。成帝在苏峻之乱的时候，才算有受辱吧。