二十九年进副都御史，巡抚保定兼督紫荆诸关。去镇之日，倾城号泣，有追送数百里外者。未几，俺答入寇，守谦率师倍道入援。帝闻其至，甚喜，令营崇文门外。会副总兵朱楫，参将祝福、冯登亦各以兵至，人心稍安。寇游骑散掠枯柳诸村，去京城二十里。守谦及楫等兵移营东直门外。诏同仇鸾调度京城及各路援兵，相机战守。
寇薄都城，诸将高秉元、徐镛等御之，不能却。帝拜鸾大将军，进守谦兵部右侍郎，协同提督内外诸军事。鸾时自孤山还，至东直门观望，斩死人首六级，报功。守谦孤军薄俺答营，而阵无后继，不敢战。帝闻不悦。而尚书丁汝夔虑丧师，戒勿轻战。诸将离城远，见守谦不战，亦坚壁，辄引汝夔及守谦为辞。流闻禁中，帝益怒。
初，寇抵安定门，诏守谦与楫等合击，莫敢前。守谦亦委无部檄，第申儆备。寇遂毁城外庐舍。城西北隅火光烛天，内臣园宅在焉，环泣帝前，称将帅为文臣制，故寇得至此。帝怒曰：“守谦拥众自全，朕亲降旨趣战，何得以部檄为解。”寇退，遂执守谦与汝夔廷鞫之。坐失误军机，即日戮于市。守谦临刑时，慨然曰：“臣以勤王反获罪，谗贼之口实蔽圣聪。皇天后土知臣此心，死何恨。”边陲吏士知守谦死，无不流涕者。
守谦坦易无城府，驭下多恩意。守官廉，位至开府，萧然若寒士。然性迟重，客有劝之战者，应曰：“周亚夫何人乎？”客曰：“公误矣，今日何得比汉法？”守谦不纳，竟得罪。隆庆初，赠兵部尚书，谥恪愍。