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1648年

1644年四月二十二日，在吴三桂和清军的夹击下，大顺军在山海关外的一片石被击败。李自成率败军退回北京，二十九日在武英殿殿举行登基大典后即撤出京师——此时距其入主北京仅四十三日。清军占领北京后即出兵追击，在畿南、山西连败大顺军，被李自成委派镇守山西的诸明降将纷纷倒戈：姜据大同恢复明室旗号，后在招抚下降清；唐通据保德归清，并西渡黄河袭取陕西府谷、葭州。十月初三，清军占领山西首府太原。虽然大顺军在河南怀庆一度击败清兵，但不久又被豫亲王多铎率军逐走。到年底之时，大顺军在山西只剩西南一隅之地。

得知李自成被清军击败，山东河南等地明朝官绅蜂拥而起，大顺军在这里的政权纷纷瓦解。到1644年入夏之时，畿南、山东及豫东地区已被大小官军及土贼盘踞，不复大顺军所有，几成无主之地。但由于南明朝廷不思进取，给了清军可乘之机，到1644年十一月清廷已派遣使者兵卒招抚了畿南、山东和河南北部三镇。

此时的南明朝廷虽在江北设置四镇，但却偏安江南，沉浸于“联虏平寇”的幻想中按兵不动。只在1645年正月，高杰部欲进军睢州，配合清军“联虏平寇”，但盘踞此地的河南总兵许定国已暗地降清。大意轻敌的高杰被许定国诱入城中杀死，明军大乱，史可法奔回扬州，南明朝廷的唯一一次“北伐”也就此夭折。
而在西南，张献忠已攻下成都，收取了四川大部，并于11月称帝，建立了大西政权。

李自成由山西退入陕西后即调兵北上，准备反击进攻陕北之清军。但不久就传来清军多铎部在孟津渡过黄河，兵叩潼关，向陕西进发的消息，大顺军已陷入清军南北夹击之势。为保西安，李自成只得回军潼关。1645年一月，大顺军在潼关激战中失利，清军于十八日占领大顺军都城西安——此时李自成已率主力在五天前经商州向河南退却。在李自成与清军在潼关激战之时，英亲王阿济格部清军已进入陕北，据守延安的李过和据守榆林的高一功因不敌清军，在奋战月余后被迫弃城西走。此时清兵已入西安，不得已，两部大顺军只得西进惠安堡，在汇合了镇守西北甘肃、青海的大顺军后由陕西汉中入蜀，顺长江东下撤入湖北荆州地区。

1645年三至四月，阿济格率清军追击李自成，一直由河南邓州经湖北襄阳、武昌追至江西九江，连败大顺军八阵。大顺军大将刘宗敏和军师宋献策也在九江被清军俘获，受到重创的李自成只得由江西西北转入湖南，行至湖北通山县九宫山时，李自成在探路之际被当地团练击毙。其余部在田见秀、刘体纯、袁宗第、赫摇旗等人的率领下进入湖南，依附湖广总督何腾蛟。后由于何腾蛟刁难排挤，只得移营北上，与西路大顺军会合，1646年与南明朝廷联合后改名为“忠贞营”。