一.政治制度不合理
俗话说枪杆子里面出政权，大名的武力完全无法和忍村存在，最简单的三身术对普通人就是绝杀，一个替身术暗杀大名不难，更别说达到柱间那种神仙级别的了。
但这中情况下，忍村经济居然靠任务维持，而不是踢开大名独包揽经济大权（税收等）十分不合理。

二.剧情上不合理，暂时提到两点
1.鸣人收到歧视，生活得不到很好保障
为什么村里人知道鸣人是九尾？人柱力信息就这么被那么多人知道了？为啥鸣人到毕业都没啥照顾他的人？村子领导人对英雄遗孤这么差？（最开始吃个拉面是手打看鸣人可怜请的），水门之前的人脉没人照顾鸣人吗？自来也知道徒弟死了遗孤没人照顾也不管？卡卡西对恩师孩子也不管？水门作为实力一流忍者一点钱没留吗？吃个拉面都要在门口徘徊。
2.鼬屠杀全族的情节设计的问题太大，作者可能想表达一个背负了很多的人，但逻辑不通，家族和村子矛盾不可调和最终结局是杀了自己所有朝夕相处的族人？婴儿，小孩，孕妇，老人，老弱病残全杀了，不是人做得出来的。