会有影响，可以整个模组管理器，我推荐star drop。或者每次开游戏前把模组移除mods文件夹

打了扩展mod开新档以后，你不进旧档就不会变。
不同存档使用不同mod的方法：
1，设置多个mods文件夹，在不用的文件夹重命名为“.mods”（即前面加上一个英文句号），这样smapi启动的时候只会读取“mods文件夹”
2 同1，也可以直接改mod名字，前面加上句号，不过比1繁琐
3 桌面新建文件夹，不同存档设置不同文件夹，要用的时候把对应文件夹里的mod列表拖入mods文件夹复制粘贴，但是每次结束后记得删除mod
3.使用mod管理器，比较常用的有SMUI,stardrop,小火星露谷管理器，可以设置不同的mod组合，需要的时候选择组合然后用管理器启动星露谷
4，wiki里介绍了一种创建快捷方式来区分不同存档的当时，具体如图。
我个人比较推荐使用模组管理器，因为除了2的方法都需要复制多个mod，这样在更新mod的时候会很麻烦。方法2也需要反复给mod重命名，方法繁琐。
具体使用哪个方法还是看你自己