凯特琳
主角在“联合”时的搭档，在《零点回溯》中与主角一起临时被通知突袭偷运傀儡的据点，一时大意被傀儡化的孩子感染，最后对主角坦白自己过去的秘密和托付自己收留的孩子后自杀。

玛丽阿拉曼
阿拉曼将军的女儿，有比克拉丽丝更强大的言灵，在《零点回溯》中控制了666中队要杀死克拉丽丝并计划发动政变，被主角阻止，后续逃跑时被妮欧抓获。在《流绪微梦》中提到被主角和克拉丽丝杀死，死因在《槛灭烬燃》中提到是击毙。

爱莉阿拉曼
阿拉曼将军的小女儿，在《零点回溯》中主角和克拉丽丝攻入阿拉曼将军的宅邸时受到言灵的影响成为人体炸弹攻击主角，在死后被伯纳德元帅用尸体变成段素生产机。（在《流绪微梦》中爱莉的回忆里父母的名字都是带有“？”的，说明收到了言灵的影响，但不确定是否是克拉丽丝发动的，虽然在场的只有她会言灵但时间对不上，不过结合伯纳德元帅后面的心理描写应该是他动的手）。
爱莉阿拉曼（铁笼）
爱莉阿拉曼成为的傀儡师。所有人包括她本人都以为她是玛丽阿拉曼，与骷髅涂鸦合作在第二次傀儡战争中发动了中州战役。被48军舍命重创，后又与纽带战斗，仓皇逃走后被克拉丽丝背刺，最后被克拉丽丝不断杀死后控制，做为傀儡与纽带战斗吸引注意，被后者杀死。在死前想起了自己其实是爱莉阿拉曼，并误以为自己从来没有被家人爱过。

阿拉曼将军
野心家，再第一次傀儡战争中在“联合”和“奥托露娜”中首鼠两端，在《零点回溯》中想要夺取伯纳德元帅的权利，最后被伯纳德元帅抢先一步利用主角除掉，在要说出一些秘密时被伯纳德元帅枪杀。

伯纳德元帅
“联合”的首领，克拉丽丝的父亲，第一次傀儡战争的始作俑者，同时也是傀儡化的始作俑者，多次利用主角。在《零点回溯》中事件败露后直接和主角摊牌，被主角和妮欧重创，最后选择自爆。
在《存亡继绝》中部分意识被保留在巨狼机甲体内用于保护妻子。再主角寻找”傀儡之心“时遭遇了伯纳德元帅及其妻子海帕西亚并交战，最后被梅尔的大炮击毁。
在《无岸河流》中伯纳德的意识被丽萨奥托露娜保存，被丽萨困在丽萨的傀儡网络中，用作考验主角的材料，不断的折磨杀死主角。在大家脱离梦境，丽萨彻底死后，伯纳德也终于死了。

咸鱼如我都不认识

海帕西亚
克拉丽丝的母亲，伯纳德元帅用来进行傀儡师实验的实验体，二人有病态的爱情关系，是第一个傀儡师。在《存亡继绝》中主角，因为主角杀死了克拉丽丝而攻击主角，被主角用生化炸弹重创，在被毒死之前找到了克拉丽丝的坟墓并将克拉丽丝变成傀儡师，下达了杀死主角的命令后死去。

克拉丽丝
“联合”首领伯纳德的女儿，从小被伯纳德训练利用。在和主角共同作战的日子里逐渐被主角吸引，爱慕着主角，后在处理AG原型问题和立场问题上发生分歧，恳求主角放弃三个原型和自己一起逃离“联合”，被拒绝后没能下杀手只是将主角囚禁，在主角逃出后操控傀儡群和主角作战，在被击败后向主角坦白了所有阴谋并希望主角杀死自己，同时也做了如果主角开不了枪就和主角一起变成傀儡的准备，最后通过剧情选择会被主角或者妮欧杀死。
被海帕西亚变成傀儡师后，为让主角痛苦和杀死主角，加入骷髅涂鸦，又暗中和丽萨奥托露娜，莉莉有合作。策划、实施、参与了裂缝章鱼，堕落骑士，中州战争等事件。利用，直接和间接杀死了成千上万的人。后在其视角杀死了卡佩拉，重创主角，妮欧后得到Φ元件。后在戴安娜的暗中帮助下潜入奥托露娜与丽萨奥托露娜谈判，但很快演变成了与戴安娜的三方对峙。后由于妮欧成为傀儡之王，丽萨决定掀桌提前计划，先后通过天基武器团灭了主角团及其身边的所有人，利用露娜之母击败和控制了戴安娜，击败克拉丽丝并从奥托露娜上扔了下去。回到地球的克拉丽丝偷回了主角的尸体，看着已死的主角克拉丽丝终于脱离她母亲的命令，利用Φ元件和傀儡特性，将自己的肉体一点点切下用来转换成主角的身体，将自己的核心取出代替主角的心脏，最后在对未醒的主角做了最后道别后安静的死在了不远处。

莉莉丝
小学生，人类时遭受过霸凌，渴望得到友谊，后成为机动魔法少女，是第一个被傀儡化的机动魔法少女，一直在废弃小学中徘徊，后与进入学校的妮娜，艾莉卡，佩蕾，小町，蕾拉，梅尔作战并被轰灭。

罗蕾莱
《断章》剧情中，罗蕾莱小乐团的音乐家，与其他乐团成员和大量民众因为傀儡被困音乐厅，为安抚民众与乐团成员演奏。后因为乐器损坏独自前往后台寻找配件时发现后台将要被傀儡攻破，毅然决然的锁上后台的大门，并弹奏竖琴吸引傀儡为民众争取逃跑机会。乐队成员霍莉，索菲亚，布瑞尔在明白罗蕾莱意图后疏散了群众，但自己选择留下来选择与罗蕾莱遥相演奏，直到最后。罗蕾莱变为傀儡师，霍莉，索菲亚，布瑞尔变为傀儡师身边的傀儡演奏家。
罗蕾莱（竖琴师）
纽带与“阵线”合作遇到的第一个傀儡师，本体一直在音乐厅中没有向外扩散，与纽带作战，被零四突袭斩杀。

玛萨纳（裂缝章鱼）
原是战争孤儿，被阵线收留，后成为“裂缝”实验的受验者并活了下来，是奎因的好友。后成为了傀儡师。最后在燃风矿团，纽带，“阵线”的共同努力下，被“阵线”的主炮“卡巴拉”轰杀。

洛兰（堕落骑士）
奥托露娜最强的骑士，被丽萨暗中下令去杀死“阵线”首脑阿特拉斯（这里我个人猜想一下，洛兰的傀儡化一个就是丽萨所为，丽萨知道傀儡师的特性，而且奥托露娜不能和大地撕破脸，所有就必须要傀儡师去杀死阿特拉斯）。《游骑无归》中在克拉丽丝的暗中帮助下带领傀儡对战纽带、“阵线”守军和奥托露娜两大骑士团。最后阿特拉斯出场吸引洛兰，丽萨为了争取主角和对全世界作秀，来到洛兰面前并对其下达了自裁的命令。

康德尔（真）
在“联合”时是玛丽阿拉曼的保镖兼打手，有着出色的战斗技巧，被主角击败过。虽然在“联合”时干站错了队但为人正义。在“联合”解散后，与其他人建立最初的“阵线”，与主角进行过合作，并帮助主角寻找“傀儡之心”。后在一次战斗中，和米尔维斯两个普通人迎战堕落骑士洛兰，战死。
死后因为不明原因成为傀儡师并被囚禁，在《灰羽寂夜》中被骷髅涂鸦放出攻击鹰身女妖米尔维斯和康德尔。被纽带和鹰身女妖康德尔击败。最后还有微弱生命迹象的傀儡师康德尔等待被米尔维斯找到，用特定电波和米尔维斯交流，希望后者杀死自己并拿走带有“模因复写”秘密的核心，在再一次做完短暂的告别后被自己最好的朋友杀死。
（康德尔的性格记忆被“模因复写”给过链锯和现在的康德尔。链锯是普通的实验体，在模因复写后憎恨着“阵线”叛逃并加入了骷髅涂鸦。现在的康德尔原名未知，有着和本体一样的热忱和信念，完美的继承了本体，但又没有被本体所束缚，走出了自己的路。所以不算打赢复活赛）

佩佩.安东尼亚
原本是奥托露娜的研究员兼记者，第一次傀儡战争时曾凭借一腔热血来到大地，仅仅三个小时就反悔，在主角的帮助下返回奥特露娜，第二次傀儡战争中决心为了打败傀儡拯救人类加入“阵线”的“胡萝卜中队”，后又加入特别行动组。在中州战役中拯救了菲尔，成为了菲尔的人生导师之一，后在48军联系不到首脑的情况下担任指挥。在得知人类高层背叛“阵线”要杀死首脑阿特拉斯时回去帮助首脑。后与骷髅涂鸦的首领厄里芬作战，由于实力差距过大被厄里芬轰杀至渣，但成功的为首脑争取了时间。