《拳皇2004风云再起》的剧情主要围绕遥远彼一族与大蛇之力的争夺展开，涉及多个关键角色和事件。
祸忌：他是遥远彼一族的领导者，拥有强大的力量。在《拳皇11》中，祸忌察觉到紫苑有背叛之心，但因自信过度未加防范。紫苑最终背叛了祸忌，并将其拉入异次元空间，大蛇之力也因此落入斋祀手中。
紫苑：紫苑是遥远彼一族的成员，背叛了祸忌和斋祀，最终在《拳皇13》中与Shroom兄妹相遇。紫苑的背叛原因至今仍是一个谜，有传言称她与祸忌有特殊关系。
斋祀：斋祀是企图利用大蛇之力提升自己力量的反派角色。在《拳皇2004风云再起》中，斋祀成功吸收了大蛇之力，力量得到大幅提升。
大蛇之力的争夺：整个剧情围绕大蛇之力的争夺展开，祸忌、紫苑和斋祀都是关键角色。祸忌被紫苑背叛后，大蛇之力最终落入斋祀手中，导致一系列事件的发生。
紫苑的背叛：紫苑在关键时刻背叛了祸忌和斋祀，将祸忌拉入异次元空间，自己则继续与斋祀对抗。这一事件对剧情发展有着重要影响。