比形态特征，生理特征呗

基因证据

中学期间照着课本的定义来就好。对于微生物等存在有另外一套分类依据

课本上对物种的定义是达尔文时代的定义，现在看来似乎只能适用于某些多细胞生物。微生物鉴定的思维方式与此完全不同。
第一，题主所说的“无性生殖物种”是一个过时的概念。事实上，动植物多多少少都保留着有性生殖功能。人工驯化的香蕉可能只能营养繁殖，但人工培育的品种有自己的鉴定体系，在此不做讨论。完全实行无性生殖的微生物也很少。草履虫等原生动物和许多细菌能通过接合作用（conjugation）进行有性生殖。
第二，属于不同物种的微生物也并不存在所谓“生殖隔离”，比如不同细菌物种之间时常发生杂交，发生水平基因转移，照样产生可育后代。
最经典的细菌跨物种杂交案例是F质粒介导的水平基因转移。带有F质粒的细菌（F+细菌）和不带F质粒的细菌（F-细菌）发生接合后，F+细菌中的F质粒能自我复制并将一个拷贝转入F-细菌。具体过程可以参考：
细菌病毒的有性生殖（基因重组）是如何进行的？
带有抗生素抗性的细菌会以这种形式将抗生素抗性基因友好分享给其他细菌。如果实验室或医院里带抗生素抗性的细菌泄露到自然界，并恰好把抗性体现出来。

这个帖子提的问题好之前一直没想过

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