1.几个主角有人类原型，但应该不是人类末期，是早期人类留存下来的副本。人类末期能活下来的应该只有类似夏娃那种基因改造人类，所以夏娃认为他才是正统人类
2.第五神机说的入侵，其实是讲宇宙中的另外一个文明的入侵，根据黑暗森林法则，两个文明必定是不死不休的局面，所以普遍认为另外一个文明不存在或者双方都未发现对方。而第五神机显然是逻辑陷入了死循环，因为第五神机是观测宇宙的职位，因为知道的未解之谜太多，所以疯了
夏娃是人类末期的“新人类”，是基因改造生物，人类末期已经没有正常形态的人了，所以夏娃认为他们这种新人类形态才是正统，而夏娃本身就是伊甸园主要设计者之一，所以才会有谁才是真正的人类之说。本质上来说，主角们属于数字生命，而夏娃才是正统的新人类。

主角三人没有人类原型，实际上本作里人类除了伊娃等人已彻底灭亡，包括备份的资料（这点就在雷提亚的研究报告和人格资料备份中提到过）。蕾文是第一机神普罗帕托尔在试图反抗莉莉后，触发了叛乱抑制机制被迫自毁之时，临时将自身部分资料及理型程式码转为eve格式（即伪装成人格资料，顺便还打了个“天选之人”的标记）存入思考局（即艾诺雅的网络），后来由艾诺雅复现而来。美琴和亚美两人则是在思考局受到袭击前，在艾诺雅所构建的类似现实人类历史的模拟世界中，经过无数次运算模拟所诞生的，高度类似人类精神结构的人工生命，本质依然是ai程序。类似亚美和美琴之类的人格资料还有有很多，不过此时艾诺雅也受到了诸机神的袭击，于是艾诺雅只能临时打包走最为符合安特罗伯斯定义的人性的两份完整资料，即亚美和美琴，开始了流亡。其余碎片化的人格资料则被诸机神俘获用于制作随从机与亚人型智天使。一段时间后三人获取了微景与数据现实转换仪，艾诺雅遍将旧思考局中的虚拟世界移动到微景中作为据点，同时普罗帕托尔也将备份资料发了过来，艾诺雅便回到了思考局，将普罗帕托尔的eve文件具象化为蕾文--这便是故事开始的地方。

关于雷提亚，游戏中主角团遇到雷提亚时，他已经陷入疯狂，急切地想要回到过去见到人类，不惜暴露伊甸园的位置寻求其它文明的帮助。根据资料，大概游戏时间20亿秒前伊甸园受到外星文明的攻击，关于人类的备份资料都已损坏，标志着旧人类此时已经彻底灭亡，复活人类已经无据可考，所以他才会说人类完蛋了，并为此发狂。