未来地球，机械军团发动叛乱，垂死挣扎的人类集结最后的科技精华之力，创造出了“机械的灾星，人类的救世主”，也就是主角
他的脑波可以介入机械网络，强制改写数据，令干涉范围内的机械军团服从他的指令
最终决战中，主角代表人类最后希望单机出战，却遭遇机械方最先进的“纳米军团”，需要干涉的对象数量“多如尘埃”，主角战败死亡
再次醒来时，主角发现自己身处一个巨大的机械废墟，肉身已不复存在，意识寄宿在一个破烂机械身体内
几名看似人类的生物进入废墟，把一个小女孩丢下后离开
尽管看起来像人，但主角却能感应到，他们都是机械生命体
被丢下的小女孩奄奄一息，稚嫩的肌肤中不断生长出硬质的结晶，模样十分可怖
由于现在的身体即将报废，周围也没有更好的宿主，主角做出了一个大胆的决定：把意识转移到这名奄奄一息的机械少女体内
主角发现令少女身体涌出结晶的是某种强力顽固的电脑病毒，虽然成功消灭了病毒并修复了少女的身体，但主角的算力也几乎耗尽，只能与少女的残留意识融合
拖着大病初愈衣衫褴褛的身体，她朝那几个丢下“自己”的人方向追去，最后在山脚追上了他们
对方惊喜交加，高喊她的康复是“圣树的奇迹”
几年后，主角已基本适应新的身体与“新的世界”
自己的身份，似乎是某帝国的公主——尽管只是某皇子与一名歌伎的私生女
虽然住在皇城里，衣食住行都有人照料，但母亲早已去世，父亲也对自己不管不问，让仆人把病重的自己丢去废墟自生自灭的就是父亲
这里并非地球，而是某陌生行星，行星上有许多遮天蔽日的大树。大部分“人类”都生活在大树的荫蔽之下，在这之外的环境较为恶劣
最巨大、也最古老的一颗圣树叫“那伽那乌”，以它为中心形成的 “那伽那乌帝国”便是主角所在之国
穿越到了异世界，这似乎是最合理的解释。但自己以及其他人身上的机械生命反应，却始终令主角无法释怀
因此，本可以混吃等死一辈子的她，到了适龄之后，申请进入了帝国魔法学院，梦想有朝一日能去圣树之外的世界闯荡
魔法学院有四大分院，风格各不相同
公正与秩序；理性与神秘；仁慈与包容；意志与野心……入学测试会根据入学者品质中最重要的部分，决定他们进入哪个分院
主角进入了“意志与野心”的分院。这里既有贵族也有平民，既有孤高的理想者也有卑劣的野心家，一切都只靠实力说话。也正是在这里，她与男主相遇了
“如果想在这里学到真本事，最好别把那些破规矩太当回事。真正带劲的东西，早就被他们藏起来了。”
“我同意。那么，能带我见识一下，那些真正带劲的东西吗？”
在圣树荫蔽的边缘，树根会破土而出向天空生长，形成高耸宏伟的环状巨墙。随着圣树的生长，巨墙也会朝外扩张
生活在巨墙下的是工人与士兵阶层，同时承担着维护与卫戍的职责。男主是某帮会会长的儿子，靠自身实力考入魔法学院，虽不算穷人但也属于下等阶层
男主对各种黑暗知识甚至禁咒多有涉猎，而这与女主的需求一拍即合
女主跟随男主，戴上面具，参加各种黑魔法集会，甚至组队在不讲武德的黑魔法武斗大赛上披荆斩棘，获得了学院绝不会传授的奥秘
男主则跟随女主，在旁人的指指点点下，大摇大摆出入皇城
男主也有自己的目的，其中之一，就是治好自己得了结晶病的妹妹
“公主大人，您真的痊愈了？好厉害，好羡慕……如果我也能这样就好了——”
（——那我就能，一直陪在哥哥身边了）
女主对男主当然也不是全盘信任毫无提防，虽然前世的救世主之力所剩无几，但如果这小子对自己图谋不轨，把他变成废人还是没问题的
而男主却没动什么歪脑筋，反倒一门心思想着不让小公主遭遇真正的危险
“老大，你怎么胆子越来越小了，该不会真是因为她吧？”
“……闭嘴”
一个是乡下来的小混混，一个是母亲是歌伎的公主，两个边缘行者就这样走到了一起
一起冒险，一起成长，直到暗生情愫……两人的旅途，将会通向何方？