一、公会后10187年
1、莫里塔尼家族的悲剧
行星格伦曼的洪德罗·莫里塔尼子爵通过秘密途径获得贝尼·杰瑟里特姐妹会的育种计划表，这才知道莫里塔尼家族原来是坦托家族的后裔。坦托家族在公会后第二个千年用原子弹核平了帝国旧都萨卢萨二号行星。科里诺皇室被迫把帝国首都迁到凯坦。接着，皇帝哈西克·科里诺三世对坦托家族发动清洗。此后人们都以为这个家族被赶尽杀绝了。没想到他们的后裔成了格伦曼的统治家族。
由于资源开采过度，格伦曼环境日趋恶劣，土地收成越来越低。莫里塔尼家族向皇帝申请新的封地，但遭到拒绝。
莫里塔尼子爵年幼的儿子沃尔弗拉姆·莫里塔尼得了一种病。这种病只有行星埃卡兹的藥物埃索伊特-佩可以治好。但管理埃卡兹的阿曼德·埃卡兹大公严禁出口这种藥物。普拉德·维达尔公爵统治着埃卡兹的埃拉卡大陆。他企图通过黑市与莫里塔尼家族做生意，结果遭到埃卡兹大公的阻止和唾弃。维达尔公爵被迫向埃卡兹大公写道歉信。最后，沃尔弗拉姆因缺少这种特效藥而病故。
2、血腥婚礼
儿子的死成为压垮洪德罗·莫里塔尼子爵的最后一根稻草。他决定向科里诺皇室，向世仇埃卡兹家族，向埃卡兹家族的盟友阿特雷迪斯家族报仇！
首先，他要找个盟友。在皇帝沙达姆·科里诺四世迎娶第五任妻子菲伦扎·托瓦尔德的婚礼上，莫里塔尼子爵邀请弗拉基米尔·哈科南男爵访问格伦曼。在格伦曼，莫里塔尼家族与哈科南家族达成协议，将联合袭击埃卡兹家族与阿特雷迪斯家族，但莫里塔尼家族在明处，哈科南家族在暗处，即哈科南家族仅仅暗中支援人员和武器，不公开负责。
另一方面，莱托·阿特雷迪斯公爵准备迎娶埃卡兹大公的女儿伊莱莎·埃卡兹，实现阿特雷迪斯与埃卡兹两大家族的联姻。杰茜卡与保罗事先并不知情。杰茜卡平静地接受了这一切。莱托故意让杰茜卡当伊莱莎的同伴，一同筹备婚礼，旨在告诉她俩，她俩对他都很重要，以后要平等相待，成为朋友。杰茜卡领会了莱托的意思，并告诉保罗。因为她觉得保罗以后也会遇到类似情况——妻子与真爱不是同一个人。和伊莱莎成为朋友后，杰茜卡才知道，伊莱莎也是这场政治婚姻的牺牲品，她的心上人是埃卡兹的一名森林卫队士兵。
婚礼在卡拉丹城堡举行。韦尔尼厄斯家族的一家三口，即龙伯伯爵、泰西娅和布朗索，也来参加。
不料，在婚礼现场，暗器启动，多个边缘锋利的飞盘乱飞。造成埃卡兹家族和阿特雷迪斯家族共十四人死亡。新娘伊莱莎被割喉而亡；埃卡兹家族的两位剑术大师之一里维·迪纳里为保护埃卡兹大公而亡。另一位剑术大师惠特莫尔·布卢德幸存。埃卡兹大公本人的一条手臂被切断。莫里塔尼家族宣布对此事负责。
3、多次暗杀未遂
几天后，就在埃卡兹大公准备回埃卡兹的前一天晚上，第二波暗杀者潜入卡拉丹城堡。其中三人被邓肯·爱达荷消灭，一人被保罗、布朗索和龙伯联手杀死。
事后，邓肯护送保罗去卡拉丹东部大陆的孤立姐妹会修道院避难，与保罗祖母海伦娜同住。图弗·哈瓦特前往凯坦觐见皇帝，希望皇室出面将莫里塔尼子爵绳之以法。莱托公爵与格尼·哈勒克率领阿特雷迪斯家族卫队，乘坐护卫舰舰队，护送埃卡兹大公回埃卡兹。卡拉丹城堡暂时由杰茜卡管理。
抵达孤立姐妹会修道院后，邓肯与保罗发现海伦娜已成为院长，而修道院的门卫是当年给莱托戴绿帽子的斯温·瓜尔。没过几天，敌对家族的战斗机就潜入卡拉丹，轰炸修道院。海伦娜被炸死。邓肯与保罗逃入丛林。斯温断后，一人对抗几十名入侵的敌军，英勇牺牲。
保罗与邓肯在丛林里躲避了几天，杀死了至少五名追兵。但大部分追兵是被东部大陆的丛林原始人部落杀死的。虽然语言不通，但这个部落似乎知道邓肯与保罗是“好人”，其他人是“坏人”，所以他们一直在保护邓肯与保罗。结果，被杀追兵身体里的定位器又引来三名追杀刺客。他们开枪和释放燃烧弹，杀死部落里四分之三的原始人，最后被邓肯、保罗和原始人女酋长联手消灭。
4、莫里塔尼家族的覆灭
阿特雷迪斯家族的舰队抵达埃卡兹后，莱托公爵与埃卡兹大公获悉，普拉德·维达尔公爵已宣布埃卡兹家族被灭族，所以由他来接管整颗行星。他俩这才确认维达尔公爵是勾结莫里塔尼家族的叛徒，而且发射飞盘的暗器也是装在他送往卡拉丹的花盆里的。
接着，按照帝国《大联合协定》定下的刺客战争规则，莱托亲自与格尼两个人潜入埃拉卡大陆，将维达尔公爵斩首。维达尔的叛军随即投降，归顺埃卡兹大公。
下一步，阿特雷迪斯家族与埃卡兹家族的联军将远征格伦曼，为逝去的亲友报仇。这次军事行动的巨额运费由两家共同分担。
抵达格伦曼后，联军向首都里克塔行军。莫里塔尼子爵首先让几万匹脱缰的真加马冲垮敌军阵型，然后让敌军阵前的平原地面塌陷，几个师的埃卡兹军队落入地下陷阱。阿特雷迪斯家族的军队由于殿后，因此损失不大。
然而，不知道莫里塔尼子爵计划的格洛苏·拉班执意冲锋，导致几乎同样数量的哈科南士兵与莫里塔尼士兵也落入陷阱。哈科南军队与莫里塔尼军队因此发生内讧。接着，邓肯与格尼生擒敌军指挥官，发现这人居然是拉班！虽然拉班后来还是逃跑了，但阿特雷迪斯家族知道了哈科南家族在暗中帮助莫里塔尼家族。
就在联军的部分突击队率先攻入里克塔时，龙伯伯爵率领几百艘军事护卫舰赶来支援。紧接着，皇帝也亲自率领萨德卡大舰队赶来，要求莫里塔尼家族立即投降。
没想到，在投降签字仪式上，莫里塔尼子爵公开了莫里塔尼家族是坦托家族后裔的秘密，然后按下开关，企图起爆脚下的原子弹，与皇室、埃卡兹家族、阿特雷迪斯家族、韦尔尼厄斯家族等同归于尽。然而，他的剑术大师希赫·雷瑟事先切断了起爆器与原子弹的连线，救了现场所有人。
事后，格伦曼被转封给埃卡兹家族。莫里塔尼家族的一半财产被收归国库，另一半被均分给阿特雷迪斯、埃卡兹和韦尔尼厄斯三个家族。在被押往凯坦的远航机里，莫里塔尼子爵本人遭哈科南家族灭口。
经过这次危机后，莱托公爵向杰茜卡承诺，虽然不太会娶她，但今生不会再与其她女人结婚。杰茜卡是他唯一的挚爱。
5、韦尔尼厄斯家族的困境
韦尔尼厄斯家族光复伊克斯后，随着制造业订单的增加，报表和配额统治着伊克斯，技术官僚阶层逐渐掌权，韦尔尼厄斯家族的发言权越来越少。

二、公会后10194年，即保罗上位后一年
1、圣战第一年
保罗称帝一年后，圣战在至少三十颗行星爆发。吉迪主行星是最早向保罗投降的星球之一。
随着越来越多的星球归顺保罗，或被弗雷曼人征服，来到阿拉肯的朝圣者和难民也越来越多。他们在盾墙山下建立定居点，非但面临核辐射的危险，还要面对日趋恶化的治安形势。
很多归顺保罗的家族打着圣战的旗号征服宿敌的地盘，导致绝大多数所谓的被征服星球其实原本就对保罗没有威胁。
2、伊勒朗与科里诺家族
伊勒朗原想利用自己的姐妹会技能勾引保罗，生下同时有阿特雷迪斯家族与科里诺家族血统的皇储，但保罗一心只爱查妮，根本不碰她。伊勒朗只能在新皇室内找了一个新职位——写书。甚至在保罗上位前，她就已经开始写《穆阿迪布生平，第一卷》。本书详细介绍了保罗抵达阿拉基斯后的上位过程，在帝国境内免费发行。为了方便叙事和宣传，保罗故意向伊勒朗提供错误信息，导致书中记录与真实情况有些出入，比如：书里说保罗出生于卡拉丹，在去阿拉基斯前从未去过其他星球，其实保罗出生于凯坦，少年时去过埃卡兹。尽管如此，本书还是在政治宣传和宗教鼓动方面取得了成功。伊勒朗因此被保罗任命为他的官方传记作者。她的床上堆满了为写书而收集的资料。床成了她的办公室，而不是生孩子的地方。这让她非常愤怒，但也无能为力。
另一方面，大部分萨德卡都转而效忠保罗。在萨卢萨二号行星，流亡的沙达姆四世身边只有一支警卫军团，由即将退役的老兵组成。科里诺家族认为伊勒朗是叛徒。但伊勒朗不以为然。她认为是沙达姆四世一次又一次背叛阿特雷迪斯家族，才导致保罗愤恨科里诺家族。
沙达姆四世的内侍比利·里东多来到阿拉基斯，作为前皇帝的使者，要求保罗履行诺言，着手把萨卢萨二号行星改造为花园世界。结果齐扎拉教团的致颂词者科尔巴将里东多一刀砍死。
沙达姆四世的三女儿温西西娅嫁给了芬林家族的达拉克·佐尔-芬林。
哈西米尔·芬林伯爵没有与科里诺家族一起流亡萨卢萨二号行星，而是与妻子玛戈、养女玛丽住在行星特雷拉克斯的城市塔利代。玛丽是玛戈与费德-劳萨的女儿。沙达姆四世命令最高巴沙尔朱姆·加龙去找芬林伯爵。加龙找到芬林伯爵后，把沙达姆四世的佩刀送给他。这是一把见证了历史的刀：它最早被沙达姆四世送给莱托公爵，后来莱托把它还给沙达姆四世。保罗称帝前，沙达姆四世又将这把刀交给费德-劳萨。费德-劳萨用它与保罗决斗，结果落败被杀。芬林伯爵虽然收下了礼物，但拒绝回萨卢萨二号行星与沙达姆四世共商叛乱事宜。因为他要用自己的计划推翻保罗。
3、阿特雷迪斯家族
保罗在阿拉基斯的哈格关给父亲莱托树立了石冢。
虽然格尼·哈勒克是卡拉丹伯爵，但他在别的星球为保罗打圣战，所以卡拉丹暂时被交给埃卡兹的克西德·奥尔莱亚克亲王管理。保罗陪伴母亲杰茜卡回卡拉丹，将她封为卡拉丹女公爵。
在行星加拉西亚，狂热崇拜保罗·穆阿迪布的圣战者烧杀抢掠，用暴行对付一切不合作者，甚至斩首已经投降的科卢斯勋爵。在当地指挥战斗的格尼根本阻止不了。弗雷曼人认为，不伤害平民和俘虏是科里诺王朝的陈规，现在根本不用遵守。他们还相信穆阿迪布的仁慈只是表象，他的内心同意战士们消灭一切异教徒。格尼对此不得不一刀砍死杀害科卢斯的弗雷曼人军官恩诺，以儆效尤。
保罗决定在阿拉肯建造一座像城市一样巨大的皇宫，即穆阿迪布堡垒。剑术大师惠特莫尔·布卢德来阿拉基斯代表埃卡兹家族宣布效忠保罗后，保罗让他留下来主持穆阿迪布堡垒的建造。科尔巴是他的搭档。工程期间，任何消极怠工者将被公开鞭打，任何盗窃和欺诈行为实施者将被斩首。
4、梅姆农·托瓦尔德叛乱开始
斯蒂尔加被任命为阿拉基斯总督兼国务大臣，率领弗雷曼人远征凯坦成功！
保罗来到凯坦后，看到野蛮的弗雷曼人对各类文物宝藏大肆破坏，用残忍的私刑处死不屈服的贵族。在保罗的默许下，弗雷曼人一把火烧毁了宏伟的皇宫。
保罗在凯坦召开了他上台后第一届正式的立法会会议，与会贵族仅60余人。在会上，来自行星伊佩尔的梅姆农·托瓦尔德伯爵公开反对保罗，认为他是暴君。
不久后，托瓦尔德伯爵联合其他十一个星球的资源，在伊佩尔成功反击弗雷曼人入侵者。这是弗雷曼敢死队（费达金）遭遇的第一场惨败。托瓦尔德因此成为阿特雷迪斯王朝在圣战中的最大对手。

二、公会后10198年
1、圣战第四年
新的帝国历法把标准年由凯坦年改为阿拉基斯年，所以10198年早了几个月到来。
为什么要打圣战？因为保罗的预知力告诉他只有这条路可以把人类带向遥远未来的安全港湾。
这四年来，保罗的敌人都是托瓦尔德鼓动的叛军。他们甚至无视几千年的交战规则，直接用激光打护盾，以同归于尽的方式一次杀死几千名保罗的士兵。这逼迫弗雷曼人不得不放弃单兵护盾。
保罗一度伪装成普通一兵，亲自前往名不见经传的行星埃诺特打仗，感受前线战况。这件事只有查妮知道。
保罗的声望如日中天。在一次对阿拉基斯香料开采作业的视察中，保罗发现有些愚忠的工人认为穆阿迪布能阻挡阿拉基斯的沙暴，结果在沙暴来临时不知道隐蔽，被摧残致死。这让保罗大为震惊。他认为忠诚应该体现在帮助和支持上，而不是没有意义的死亡。
但另一方面，杰茜卡告诉保罗，很多卡拉丹人对保罗不满，甚至有原阿特雷迪斯卫队成员发动叛乱。因为他们觉得保罗登基后就几乎不回家乡了。作为新皇帝的老乡，他们有一种被抛弃的感觉。
五名杜尔祭司企图亵渎阿拉基斯的莱托墓地，结果被齐扎拉教团抓获。保罗恼羞成怒，宣布处决这五人，夷平全帝国所有杜尔祭司的宗教场所，把杜尔祭司的信徒全部再教育。
2、格尼·哈勒克
保罗将卡拉丹伯爵格尼·哈勒克调离战场，封为吉迪主行星男爵。因此格尼就有了两个贵族头衔。在吉迪主行星，格尼的政府官员大都来自卡拉丹。作为曾经的奴隶，如今的吉迪主行星统治者，格尼释放奴隶和伎女，关闭伎院，还绞死一名伎院老板——格尼的妹妹曾在这家伎院内受到非人的折磨。
吉迪主行星带给格尼太多痛苦的回忆，因此保罗同意他更多地留在卡拉丹，不必总是待在吉迪主行星。
3、斯蒂尔加
在行星贝拉特古斯的迷雾沼泽地里，斯蒂尔加以损失几百人的代价消灭当地叛军。他们由托瓦尔德麾下的贵族乌尔基迪·巴斯克领导。
在行星杰里查，斯蒂尔加的军队主要由格尼·哈勒克派遣的卡拉丹人组成，因此水性很好。但作为阿拉基斯人，斯蒂尔加几乎不会游泳。他在行军途中不慎落水，差点溺亡。被救醒后，他意识到星际战场不再适合他，决定回阿拉基斯专心当国务大臣，辅佐保罗。
4、大投降悲剧
完成穆阿迪布堡垒一期建设后，惠特莫尔·布卢德建议保罗举办盛大的庆典。于是，保罗决定将这场庆典命名为“大投降”。他邀请所有科里诺王朝时代的立法会大家族参加，包括沙达姆四世。而且每个家族必须在其护卫舰的货舱里装满水，上贡给阿拉基斯的弗雷曼人，并自行支付运费。
当时温西西娅·科里诺与达拉克·佐尔-芬林刚有一个儿子：法拉登·科里诺。
沙达姆四世原计划派达拉克去参加大投降，结果发现他向黑市倒卖科里诺家族的传家宝。温西西娅亲自枪毙了自己的丈夫。沙达姆四世转而派最小的女儿鲁吉去参加大投降。
共有800多个家族派了代表参加大投降。没想到，在庆典现场，一百多根寻猎镖飞出，屠杀参会人员。保罗自己有解毒能力，因此哪怕被刺中也不要紧。但他发现每根寻猎镖携带的毒藥都不一样，导致他因持续解毒而筋疲力尽，最后昏倒。等他醒来后，皇座下方又发生爆炸。幸亏布卢德及时提醒，他和查妮才幸免于难。
包括鲁吉在内，许多人在这场大屠杀中被踩踏致死或被寻猎镖刺死。
讽刺的是，梅姆农·托瓦尔德宣布对此事负责，但他描述的细节互相冲突，而且与已发现的线索不符，所以保罗确认托瓦尔德与这件事无关。
更讽刺的是，布卢德承认这一切都是他一个人所为，一步一步秘密安排了几个月，没有同谋，没有政治阴谋，只有一个目的：让自己出名。哪怕不能名垂青史，也要遗臭万年。他作为一个剑术大师，不想默默无闻。
最讽刺的是，保罗与科尔巴发现不能公开只处决布卢德一人，因为人们不会相信这么大的阴谋是一个人可以做到的。如果只处决他一个人，人们会觉得他是替罪羊以及新王朝的无能。所以最后有十个人与布卢德一同被公开处决。其中两人是先前暗杀保罗未遂的刺客，另外八人只是科尔巴的政敌。处决方式是：被暴民折磨致死。
5、梅姆农·托瓦尔德之死
通过预知幻象，保罗发现以梅姆农·托瓦尔德为首的叛军受到布卢德的鼓舞，企图摧毁卡拉丹。他马上以停止供应香料要挟宇航公会，命令他们把这些叛军送到外太空自生自灭。叛军舰队就这样被消灭了。
然后，奉保罗之命，斯蒂尔加指挥100艘阿特雷迪斯家族战列舰进攻托瓦尔德的老家伊佩尔，用炸弹、燃烧弹、落叶剂等武器对这颗星球持续轰炸33小时，把上面的所有生命赶尽杀绝，以儆效尤。
接着，保罗又被迫消灭两颗叛军行星的所有生命。
6、塔洛与玛丽的悲剧
哈西米尔·芬林和玛戈分别从刺客和贝尼·杰瑟里特两个方面，严格训练玛丽·芬林，让她达到姐妹会侍祭的水平。她甚至还能在父母做爱时偷偷溜进他们房间在一旁观察，而不被他们发现。
为了推翻保罗，贝尼·特雷拉克斯利用实验室科技，而不是自然受孕，培育了他们自己的奎萨茨·哈德拉克：塔洛。他只有9岁，但被加速生长，看起来有17、18岁；他拥有门塔特和预知能力，具备吉尔伯塔斯·奥尔本斯、朱尔·诺雷特、拉斐尔·科里诺等历史名人的记忆；他肌肉发达，身手不凡。
塔洛很快与玛丽成为好朋友。他告诉玛丽，他能预测未来，所以知道他必然会失败，无法推翻保罗。而且，他还有自虐倾向，已经忍受不了强加给他的知识了。因此他根本不是完美的奎萨茨·哈德拉克。他不相信作为一个不完美的族群，特雷拉克斯人能培育出完美的奎萨茨·哈德拉克。
为了让自己彻底获得解脱，获得真正的自由，塔洛决定自杀，同时让塔利代全城陪葬。他先杀死其他九个像他一样的奎萨茨·哈德拉克候选人，再向塔利代释放神经毒气——这些毒气原本是托瓦尔德向特雷拉克斯人订购的，用来对付保罗。玛丽哪怕用音言也阻止不了他。最后，她不得不一脚踢断塔洛的脖子，把毒气都排放到湖水里，这才拯救整座城市。
随后，6岁的玛丽又在一间小黑屋里杀死了15名成年萨德卡或费达金的死灵。强大的战斗力让芬林夫妇相信她已经准备好了。
于是，玛戈给保罗写了一封信，以特雷拉克斯人的厌女症不利于玛丽成长为由，希望玛丽在阿拉基斯帝国宫廷长大。考虑到玛戈曾经向杰茜卡夫人警告过哈科南家族的阴谋，即玛戈其实有恩于阿特雷迪斯家族，保罗答应了玛戈的请求。
来到皇宫后，玛丽迅速成为保罗妹妹阿利娅的玩伴。两人会像真正的小女孩一样玩捉迷藏，去沙漠里抓沙鳟——沙虫幼体。
姐妹会企图干涉阿利娅与玛丽的教育，被保罗和伊勒朗拒绝。伊勒朗将此事告知芬林夫妇后，他俩担心姐妹会会无意中破坏他俩的计划，遂提前启程，来到穆阿迪布堡垒，表面理由是探访女儿。
保罗向芬林伯爵展示了在堡垒地下最新发现的考古遗址。这处遗址属于穆阿德鲁教徒。据说正是他们最早把沙虫带到阿拉基斯。而当时阿拉基斯还不是沙漠星球。后来，仿佛一夜之间，各个星球的穆阿德鲁教徒都消失了。
接着，保罗设宴款待芬林一家三口。芬林伯爵把沙达姆四世的刀，也就是费德-劳撒与保罗决斗时用的那把刀，转增给保罗。
宴席进行到一半，芬林一家三口终于图穷匕见，开始行刺保罗。玛戈释放出两种顺利通过安检的气体。它们混合后，成为一种非致命性毒气，能让现场几乎所有人暂时失去行动能力。而芬林一家三口事先注射了抗毒藥物，所以不受影响。玛丽用一把针鞭匕首刺向保罗。结果，阿利娅操起沙达姆四世的刀掷向玛丽，飞刀从背部刺穿玛丽的心脏，结果了她的性命。被毒气麻痹在一旁不能动弹的科尔巴惊呼：“尖刀圣阿利娅！”阿利娅的传奇由此开始在弗雷曼人中流传。
随后，悲痛欲绝的芬林突然拔出插在玛丽背上的刀，刺进保罗的胸膛。保罗因大出血而倒地，生命垂危。虽然这时毒气效力已过，在场的人都能行动，但面对奄奄一息的保罗，众人一筹莫展，因为血根本止不住。就在大家以为保罗要驾崩时，查妮突然想到了救他的方法。她让阿利娅拿来一些生命之水，然后给保罗喂了一滴。这让保罗陷入深度昏迷，生理机能几乎完全停止，包括出血。皇宫里的苏克医生利用这宝贵的时间给保罗包扎伤口、输血和抢救，最终把保罗从死亡边缘拉了回来。
在保罗“起死回生”的这段时间里，伊勒朗经历了惊骇、忧虑、悲痛、流泪、期盼和喜悦。她发现自己是爱保罗的，尽管保罗不爱她。
事后，保罗把从玛丽体内蒸馏出的水给芬林伯爵喝，但没有处决芬林夫妇，而是把他俩流放到萨卢萨二号行星，与沙达姆四世软禁在一起。