灼口综合征的病因很复杂，多与雌激素水平、情绪、睡眠等因素有关。
1、雌激素：很多患者出现在更年期妇女
更年期妇女体内雌激素水平下滑，导致口腔黏膜末梢神经的感受性发生改变，这时口腔黏膜没有病变，却出现烧灼样疼痛。
2、情绪：很多灼患者都有严重的焦虑和抑郁
焦虑表现为对周围事物过于担心、焦虑，抑郁表现为情绪低落，对任何事情都不敢兴趣，这样会引起或者加重病情。
3、睡眠：大部分患者都长期处于失眠状态
长期失眠会导致情绪焦虑，从而引起口腔并发症；如果失眠状态得到改善，灼口综合征就会消失。所以，失眠和灼口综合征有明显关系。
但也有一些其他病产生的症状，常被误诊为灼口综合征。如有些口腔念珠菌感染患者，实验室检查念珠菌呈阳性，口腔里也没有病损，但却有烧灼感；一些贫血患者也会出现口腔烧灼感；还有一些进行牙体修复患者，对修复材料有过敏反应，也可能表现为口腔黏膜烧灼感。
对此，如果口腔真的发生不适感，请及时就医，避免错过最佳治疗时间。
灼烧口腔症主要的临床表现就是以烧灼样疼痛为最常见临床症状，但也可以表现为舌部麻木感、刺痛感、味觉迟钝、钝痛不适等感觉异常。
疼痛部位多发生于舌根部，其次为舌缘、舌背和舌尖，但其他部位如颊、唇、腭、咽等部位也可以发生。其中以以单个部位发病多见，舌痛呈现早晨起来轻，晚上重的时间节律性改变，过度说话及进食干燥性的食物时加重，常连续发生数月或者数年，有时候病程较长逐渐加重。
与此同时，全身状况一般不会伴随有失眠、头疼、易怒、烦躁、注意力不集中等情况。并且病人常表现为精神紧张、焦虑、抑郁等情况。临床检查时没有明显的病理检查阳性体征，所以这个时候诊断为灼口综合征。