1985 年，厄普西隆击败了盟军，使用心灵终结仪成为了世界的统治者。当和平到来之后，世界上仍然保持着自由思想的最后一批人——厄普西隆最高参谋部——制定了一批野心勃勃的计划，例如建设一个超级城市中心作为世界首都，并且让这座城市成为工业和科研的中心；更疯狂的则是“应许之地”计划：厄普西隆打算在直布罗陀建立一个大坝来填平地中海（噔噔咚），主脑认为这样可以凭空创造出大片土地来养活更多的人。
前者成功了，利用先进的心灵技术，主脑成功地回收了部分尤里本人的意志，于是罗马尼亚的布加勒斯特成为了世界上最大的城市，但后者却没能成功，因为计划刚刚开始，焚风反抗军就从阿拉斯加的希望角打出来了。虽然心灵终结仪仍然保持着对世界的绝对控制，但焚风反抗军仍然是严重的威胁。于是，异教紧急从主脑手中接管了北美和亚洲的指挥权，将其建设为军事中心，用于防范焚风反抗军的入侵。
随着一项项新技术被焚风反抗军应用在战场上，厄普西隆也意识到必须开始开发新武器。于是，主脑在比利时和法国划出一片区域，将其交由拉恩和总部首位的科学家管理，专职科研。拉恩的基因倾向开始越来越多的显示出来，他想要通过大规模投放终点气体来洗涤世界上的人，建立一个由狂兽人、智力稍高的狂兽人与天才狂兽人领导的乌托邦。
主脑很快意识到，拉恩的思想可能将厄普西隆带入万劫不复的境地，但又必须保证拉恩能领导武器研发。于是，主脑命令拉恩的研究必须与主脑和异教隔离，不得影响世界上的其它地区。
然而，事情从来不会一帆风顺。焚风反抗军孤注一掷，通过在南极进行自毁式袭击干扰心灵终结仪，让俄罗斯地区脱离了心灵控制的掌控。愤怒的苏联人终于和月球上勉强自给自足的部队进行联络，想要通过核弹毁灭厄普西隆帝国，但这同时也会对整个人类带来不可挽回的打击……
世界能否幸免于难？