从新陈代谢角度看，人体器官中的消化系统和内分泌系统是生成清新物质的。五脏是具有过滤、中和代谢浊物清新物质再生功能的。中医的五脏六腑（实际是六脏六腑）中的胆胃小肠大肠膀胱基本属于消化系统。其功能是用来消化食物生成五味。三焦可以认为是内分泌系统的部分，其可以生成信息素用来协调人体机能。五脏“心肝脾肺肾”是血液循环系统的功能部件。其是用于物质过滤、中和、重生的。五脏的功能是利用消化系统生成的五味转化为五脏真气并中和清除代谢产品的浊气。第六脏心包可以基本对等为免疫系统，其功能是用来清除入侵人体的一切异物，是兜底功能。
中医的五脏六腑不能与人体解剖学的脏腑等同。类似现代计算机系统的封装抽象技术，中医的五脏六腑也是对底层硬件（实体器官）的上层抽象。中医的脾和胃跟解剖上的脾和胃完全不是同一个器官。中医的三焦和心包也没有单个实体器官对应。
对上述五脏六腑的生清别浊功能进行抽象，可能就是五行生克理论模型的来源。新陈代谢系统除了生清化浊功能外，物质的转运功能也是必不可少的。只有把新生物质运输到需要的位置，把代谢产物运输出去才能不断的进行新陈代谢循环。
中医对体内物质和能量的转运也有对应的模型，这就是气机模型。“升降出入浮沉，通滞盛衰”等属于气机状态的描述。五脏中的“肺主宣肃”、“肝主疏泄”、“脾主运化”、“肾主闭藏”、“心通阴阳”就是五脏气机模型的描述。
人体气机有两个动力来源。来自体表和环境的动力在内经中称为“气立” 来自五脏六腑的动力来源在内经中被称为“神机”。
“阴阳”是人体气机动力的总结。向外表现功能的动力为“阳”，向内维持功能的动力为“阴”。“一阴一阳之谓道”是对阴阳动力在人体起作用的功能和步骤（通道）模型。