虽然不知道是什么原因导致的，但是在这里说一下我的解决方法吧，很简单，用记事本编辑一下存档文件就行了。
事先声明，一定要保存备份，存档文件损坏本人概不负责
用记事本打开存档文件，查找"Sophia"，或者一步到位查找"<name>Sophia</name>"，反正找到之后应该和图上一样是有两个索菲亚重复了。

然后唯一的关键一步，将重复的一部分删除，图上标出了从哪到哪，其实就是从<NPC>到</NPC>。删除就少了一个NPC索菲亚，只剩一个了，别删多了。

保存，打开游戏只剩一个索菲亚了。