如果您发现金刚菩提子的颜色差异很严重，可以考虑以下方法来处理：
购买时选择：在购买金刚菩提子时，尽量选择正规信誉好的商家或店铺购买。确保购买到质量好、色泽均匀的金刚菩提子。
品质认证：购买金刚菩提子时，可以了解是否有质量保证或认证，以确保产品的真实性和质量。
退换货政策：如果您购买的金刚菩提子存在严重的色差问题，可以查看商家的退换货政策。有些商家在购买后一定时间内允许退换货，可以选择退换品质较好的产品。
养护保养：正确的养护保养也有助于保持金刚菩提子的颜色。避免阳光直射和长时间暴露在高温环境下，定期用干净的布擦拭和保养。
咨询专业：如果您对金刚菩提子的品质和色差问题有疑问，可以咨询专业的鉴定机构或专家，获取专业意见。