在红宝石版中，火岩队是反派组织，水舰队是主角的同伴，蓝宝石版反之。对应的主题神兽不同（红宝石：古拉顿＋天空龙；蓝宝石：海皇牙＋天空龙）。橡实果、长鼻叶、狡猾天狗、大嘴娃、猫鼬斩、太阳岩、固拉多是红宝石版专有的精灵。莲叶童子、莲帽小童、乐天河童、勾魂眼、饭匙蛇、月石、盖欧卡是蓝宝石版专有的精灵。关于秘密基地的家具，红宝石版可以得到红色帐篷与橡实果玩偶，蓝宝石版可以得到蓝色帐篷与莲叶童子玩偶。