星露谷物语头骨山洞一共有50个层级，这些层级分为10大塔层、20小塔层、20大地上层和1个天空层四个部分。10大塔层位于洞穴深处，最深处是第10层，那里有一个湖。第11层开始的20个小塔层是由瀑布把各层之间隔开的，每层设有4-8个怪物。20个大地上层分为上、下两部分，中间有一个木屋。在木屋旁有一条走廊通往天空层，上面有宝箱和一些特殊的道具。每一层都有不同的隐藏机制，可以帮助玩家收集更多的物品。