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请教上传原始数据 测自己民族成分的问题

只看楼主收藏回复

魔方899的深度祖源的数据能否上传网上测民族成分 还是只能599的标准版才行
我只做了399的 所以不能下载 魔方必须599 899的才能下载原始数据
有哪些网站可以上传测试


IP属地:浙江1楼2023-06-01 14:26回复
    只有标准版才可以,祖源版和高通都不可以。


    IP属地:河北来自iPhone客户端2楼2023-06-01 16:44
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      微基因标准版可下载原始数据


      IP属地:福建来自Android客户端9楼2023-06-01 19:20
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        楼主把我发在4楼至8楼的两个回复删除,然后直接拿我告诉你的东西去回复在9楼? 你再删的话,我就只能开贴挂人了


        IP属地:广东来自Android客户端14楼2023-06-02 22:49
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          目前国内只有23mofang和WEGENE提供民族血统上传服务,没有第三家,其它商业测序暂不提供对原始数据的解析。
          国外提上传服务的更多,如23andMe、Family Tree DNA (ftDNA)、Ancestry、FGC和DNAland等等。以Ancestry、DNAland和23andMe为最火,但这些国外商业测序机构操作起来非常麻烦,首先唾液无法出境,这些国外基因公司你想吐口水测序,要么去一趟欧美,要么去香港,但直接上传数据的话倒是没那么麻烦,但过程也繁琐,有些还需要格式转化工具,需要咨询各种圈内老人指点,很麻烦。
          这还不是重点,重点是国外基因公司设计的祖源解析算法未必就适合现代东亚人,甚至是非常不适合的。如果你是现代东亚人群(或者海外华裔),最适合你的商业测序产品不是Ancestry、DNAland或者23andMe这些北美最大的商业测序,而是中国国内的23mofang(魔方)。
          再次声明,目前为止,在针对「中国境内现代人的血统分析报告」这件事情上,国内还没有任何一家公司能达到魔方这样的水平,其祖源研究部关于祖源计算的学术严谨度相当高,魔方在常染祖源的分析计算上投入了大量功夫,虽然魔方和微基因两家一样会定期对芯片进行更新换代(从1.0到3.0等等),但只有魔方公司在对民族血统的算法计算上下了苦功夫,并且长期对算法模型进行维护与检验,以保证其严谨度,这是其他任意一家公司(包括WEGENE)都达不到的,跟所谓的芯片质量完全不是一回事(不要听9楼扯淡),基因公司所使用的芯片质量再好,针对人群成分拟合、计算的算法或者模型不做任何更新与维护,那将失去任何意义,国内其它基因公司现在对用户的民族血统这块基本上是放弃了,也没想过要升级改造或者修补bug,就没认真对待过,而魔方是唯一例外,从17年至今,魔方在用户民族血统上下老大量功夫,居功至伟。


          IP属地:广东来自Android客户端15楼2023-06-02 22:50
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            「下载原始数据上传到其它平台解析出新的血统成分」这种操作有两个关键因素必须遵守,如果其中一个没有做好,那直接白搭,另一个做得再好也没有用,一个是「数据产出」,一个是「数据分析」。
            数据产出,也就是你从某某基因公司吐口水测序,结果出来后下载自己的原始数据拿去别的地方分析成分。重点来了,你要能保证这组遗传信息的质量水准(测序覆盖度+测序深度+位点数目)要足够好,分两种测序方法,一种是芯片测,一种是全基因组测序,能保证产出质量最好的必然是「全基因组测序」,也就是微基因几千块那两款产品,然后才是芯片测,芯片测得到的用户数据在质量上是永远不可能比得上全基因组的,没有任何可比性,只有在实在买不起全基因组的情况下才考虑芯片产品,丰俭由人,而即使测芯片,也一定要选择芯片质量更好的那家,这才能保证数据产出这块做好来。
            数据分析,也就是你拿这组数据(即使质量足够高)上传到某某平台(商业测序公司、国外公益网站、祖源计算器)让其给你计算出血统结果,重点来了,其所秉承的祖源血统的模型方法(某种统计学原理)要有足够的学术严谨度,否则如果你测序使用的芯片真好,但计算这些产出数据的模型原理十分糟糕,那这块芯片再昂贵也没有任何意义因为结果失'真了.....
            如果有一个人,是想拿从魔方下载的自己的基因原始数据导入微基因去分析民族成分,需要满足「魔方的数据产出水平强于微基因」、「微基因的分析处理水平强于魔方」这两个大前提,但这两个前提根本没有办法满足,因为现实情况完全是反过来的。


            IP属地:广东来自Android客户端16楼2023-06-02 22:50
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              先说芯片,魔方用的是EAffymetrix的芯片,微基因用的是illumina的infimum系列芯片,就芯片品牌与质量来说,微基因必然是优于魔方的,因为illumina是生产测序仪芯片的全球巨头,当之无愧NO.1,这也是微基因标准版要七百多块钱而魔方只需要三五百的原因之一。至今微基因公司的芯片依然优于魔方,所以不管怎样,在数据产出这件事情上,微基因是绝对完胜的,同样是千元以内的芯片产品标准版,在不看这两家公司所提供的血统成分/父系结果的前提下,微基因所产出的原始数据的质量绝对是优于23魔方的,这是没有任何疑问的。
              但问题来了,芯片实验得到的数据要经过数据解读才能转换成我们普通人能看懂的报告形式,这个过程必不可少,数据解读/数据分析就是运用一些基因统计学原理的群体遗传学计算方法(分子学科研人员广泛使用的一些原理),诸如计算机算法(HMM模型)对原始数据进行加工,这才能推算现代用户的祖源成分,如果这一步不执行,那么民族血统根本不可能生成出来,数据产出才是最最最重要的,其重要性甚至远高于芯片原有质量(9楼这种nt是不可能理解的),魔方和微基因2家公司用的血统算法不一样,导致的结果存在很大差异,这是圈内早就众所周知的事情,而在血统计算这件事情上魔方公司已经力压微基因至少五年时间了,从18年9月魔方芯片更新换代、算法重大调整开始,魔方祖源研究部的科学家们设计的这套针对现代中国人的民族血统数据处理模型就是国内的最强者,找不到任何对手,试想一下,你微基因的芯片再牛叉,产出的数据再怎么高质量,结果血统计算远逊于魔方,那还说个毛线啊??
              这种情况下要做的,当然就不能是魔方测芯片然后下载数据拿去微基因分析了,没有错,聪明的分子圈老人们三四年前就知道一件事情了,那就是去微基因购买全基因组或者七百多的芯片产品,测完再上传、导入到魔方那边分析血统,这才是真香定律。


              IP属地:广东来自Android客户端17楼2023-06-02 22:50
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                魔方的产品只有两个范畴,八百多块的「Y全序」,这是针对Y染父系的深层次抓取,三五百块的「芯片」,这是针对Y染/常染的浅层次抓取。一共分为3款产品,分别是349元、529元、849元。
                849元那款属于「Y染色体全序列测试」范畴,是针对那些想搞清楚自己父系支系三千年以内具体下游的男性涉及的,没有这种需求的、或者测到六七千年就已经心满意足的人完全没必要去买这种产品。而且这款849是只对男性唾液中的Y染色体范围内的遗传信息进行分析、提取的,完全不涉及细胞内其它遗传物质(常染、母系),所以是完全不包含其它数据的,在任何平台都做不了常染数据处理(民族血统分析)的这种操作,测出来的机构也是完全没有民族成分的,适合**。
                349和529两款属于同一概念,也就是上面长篇大论提到的,均属于「基因芯片测序法」范畴,选取一部分Y染、线粒体、常染的基因组位点全部植入、集成、设计到一块芯片(品牌有所不同)上然后再把芯片嵌入测序仪,所有下单用户的唾液最终都会进入此测序仪。这块芯片实际就相当于一种「引物」或者「诱饵」,专门将受试者(男/女)唾液中的遗传物质“钓”出来,实际就是类似一个匹配的过程,这些引物会对用户遗传信息中的基因位点逐一进行匹配与覆盖,但这种覆盖与匹配的范围、次数和深度是相当有限的,而且有一定概率出现上机失败和「假匹配」现象(假阴性假阳性,全基因组完全不存在这些问题),假匹配可能导致测错父系等问题。覆盖与匹配得到的数据汇总生成以后,就是芯片测的最终原始数据了。
                529的产品与349的产品显然是两类不同芯片布局,529在常染方面位点的设计上比349的产品丰富得多,所以用户原始数据中能得到的结论自然就更多,这两款无论哪一款,其本质都是「芯片测序」的范畴,芯片测序最大特点就是所产出的用户原始数据的质量是不高的,优良中差,只能达到中的水平,因为这种遗传信息是通过芯片得到的,而芯片本身是人工集成的,只能选取一部分人体位点植入进去不可能全部塞进去,像现代人类男性Y染的SNP位点据说拢共有数百万个,而魔方的芯片产品也只能选取其中3万个(一些主要的父系遗传标记),所以本身问题就很大,如果芯片本身质量良莠不齐、或者位点设计的时候没有设计好,那对用户遗传信息的“抓取”是非常非常有限、粗糙的,产出的原始数据能好到哪里去?????
                所以「上传数据到其它平台分析」有一个非常重要的大前提是你的数据要怎么保证质量效果达到最好? 数据足够好但算法太差血统报告肯定一塌糊涂,脱离算法非常强大但芯片太差劲血统报告同样会一塌糊涂,而魔方公司的芯片肉眼可见是不如微基因的,那怎么办呢? 魔方公司目前有没有第三种,能提供高质量芯片产出的测序产品?
                答案是,完全没有,目前魔方公司,完全没有一款产品,能将用户的常染数据生成出「高质量水平」,是完全一款也没有,而不是质量存在问题.....


                IP属地:广东来自Android客户端21楼2023-06-02 22:54
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                  那么,这个世界上,或者说中国国内,到底有没有这样一款产品,能对用户的Y染、线粒体、核基因组(常染)通通都抓取出高质量的数据结果来呢? 这种产品,当然是有的,虽然直到07年才面世,并且至今价格不菲,但好处就是,他可以抓取出用户几乎全部的、所有基因组数据,楼上已经提过了,这玩意学名「全基因组测序」,是分子圈基因检测领域的最高精度终极产品,是真正的分子圈资深爱好者与发烧友这一辈子必须测一次的存在,不测枉为爱好者!!!前些年源基因曾提供过「线粒体母系全序列测试」产品,可以对用户具体母系类型进行深度检测,一个人测芯片可能母系是F1a,再也无法细分,但如果执行母系全序测试就能知道原来这人居然是F1a1c2a1a2b之类的结果。遗憾的是,源基因已经下架这款产品,现在国内爱好者想做「母系高通」已经没有任何途径了!专门的线粒体全序产品已经无了,只能依赖做全基因组测序才能知道母系具体下游。
                  目前中国国内提供Y染色体全序列测试即父系祖源深度检测(高通)的有很多家,例如魔方八百多块产品,源基因一千三百产品,英莱盾,各色DNA等等,但是!!!! 提供全基因组测序的,暂时只有WEGENE一家!😱😱,全国当前只有WEGENE提供全基因组测序产品服务,并且微基因的全基因组测序质量非常高,其对用户遗传信息中所有基因组位点信息的利用率与采集率极其强大,对Y染、线粒体、常染三者能够全部执行最高精度、最高深度的检测,一步到位省去所有麻烦。
                  通过微基因全基因组测序产品产出的用户原始数据,可以直接上传到国内外非常多的平台进行血统分析,如果想知道Y染父系和线粒体母系具体下游,就将其上传到Yfull(俄罗斯公益性父系树形网站)或者国内的祖缘树,强烈推荐祖缘树,其树形是目前圈内最火爆的,如果是想知道民族血统,那么当机立断直接上传到魔方分析就万事大吉了。


                  IP属地:广东来自Android客户端22楼2023-06-02 22:54
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