和搭不搭载无关，这是设定永久物类别和攻防，载具本身的异能都在的。对晴空号而言他依然具有飞行，抓牌，搭载3，你还可以再搭载其他生物
异能只要不说只能于法术力时机启动，都默认是瞬间

除非特殊说明，载具就算他不是生物，他的异能也都有。也就是 清空号一直都有 飞行，抓牌，和搭载3的异能，只不过在他不是生物的情况下，就算能飞不能参与 进攻与防守，更没法触发 战斗伤害而抓牌等等。
怎么让她成为生物呢？他自身有个 搭载3 ，可以让你的驾驶员开飞船 这样它“变成” 生物了 就可以参与攻防以及战斗伤害触发效果等等。当然你可以使用其他方式 代替搭载3 让他变成 生物，效果一样（如果没有特殊表明）
另外 没有特殊说明的 异能都是瞬间速度，你是可以 在对方的回合 让你的驾驶员吧清空号变成生物，清空号没有横置的话可以参与防守的。

1.他确实变成了你说的神器生物，因为他的异能一直都在，只是不是生物的状态下一部分效果发挥不出来。通过其它途径变成生物也是生物
但是并不是“已搭载”的状态，也不能触发在“每当成为已搭载”时触发的异能。因为你并没有启动他的搭载异能，参见规则702.122d
2.没标注诸如“只能于施放法术的时间点启动此异能”的启动式异能都可以于瞬间时间点施放，所以可以