重庆马拉松赛起源于最初的南滨路万人健步走活动，2009年1月1日在南滨路举办了万人准马拉松赛（7.195公里），2010年5月1日，又成功举办了南滨路万人半程马拉松邀请赛。为进一步推进“健康重庆”建设，掀起全民健身热潮，2010年6月，重庆市体育局、南岸区人民政府向国家体育总局田径运动管理中心提出设立重庆马拉松赛并得到批准，从而使重庆马拉松赛纳入了全国马拉松赛统一安排，并确定每年3月份的第三个周末在重庆南滨路举行。
2011年3月19日，第一届重庆马拉松赛在素有“重庆名片”之称的重庆南滨路成功举行，报名参赛的运动员超过12000人，吸引了来自肯尼亚、马来西亚等国家和地区100多个城市马拉松爱好者的积极参与，赛事实现了由中央电视台体育频道全程直播。本次赛事得到了重庆市委、市政府和国家体育总局田径运动管理中心以及参赛运动员的高度认可。
2012重庆国际马拉松赛成功升级为国际赛事，由重庆市人民政府和中国田径协会主办，届时将有来自世界各地和全国各地的优秀马拉松选手、马拉松爱好者30000余人齐聚风景秀丽的重庆南滨路，共同演绎一场“快乐运动、健康重庆”的盛大壮歌2013年3月23日，重庆国际马拉松赛开赛，比赛设男、女全程马拉松（42.195公里）；男、女半程马拉松（21.0975公里）和5公里迷你马拉松三个比赛项目。对于2013年的比赛，组委会将增加趣味性，营造快乐氛围，打造如酷跑马拉松、情侣马拉松、亲子马拉松、团队马拉松等有特色的项目，主要目的是让市民感受到马拉松的快乐。这次比赛获得冠军的选手将赢得3万美元的奖金。
2013年的赛事中央电视台体育频道（CCTV-5）将进行3小时的全程直播。
2021年10月29日，重庆马拉松组委会发布公告，原定于2021年11月14日举办的2021长安汽车重庆马拉松拟延期至2021年12月19日举办。