SCR脱硝的基本原理是：氮氧化物在催化剂作用下，在一定温度条件时被还原剂还原为无害的氮气和水。
SCR烟气脱硝装置由于催化剂的存在，在SCR脱硝反应器中发生大量的化学反应，烟气中部分SO2被催化氧化为SO3，从脱硝反应器逃逸的部分氨与烟气中的SO3和H2O反应生成硫酸氢铵，增加空气预热器堵塞和腐蚀的风险。
当NH3与SO3的比例超过2:1时，就会生成硫酸铵，即使脱硝装置设计时采取措施减小氨的逃逸率，结垢还是经常发生。原因是负荷瞬变期间，气流层化、氨或NOX分布不当、系统控制故障或催化剂效果降低等引起氨的逃逸率上升。硫酸氢铵牢固粘附在空气预热器蓄热元件的表面上，使蓄热元件发生积灰。这些沉积物将减小空气预热器内流通截面积，从而引起空气预热器阻力的增加，同时降低空气预热器的反应。处于脱硝反应器下游的空气预热器除非采用适当的措施，否则会因空气预热器冲洗而降低锅炉机组的可用率。常规空气预热器冷端腐蚀区仅在冷端100~200mm的范围内，在增加了SO3转化率后，硫酸露点通常上升5~10℃，预热器冷端受硫酸腐蚀区范围将上升到250~450mm，原有空气预热器的冷段高度就显得不够了。为不影响机组的正常运行，就必须对空气预热器进行改造。
一般改造主要包括空气预热器换热元件的更换（如用搪瓷镀层换热元件后硫酸氢铵的结垢速率明显降低。密封系统的改造，预热器隔仓和隔板的改造等。空气预热器除采用蒸汽吹灰外，还需增加高压水冲洗系统。在锅炉BMCR工况下，省煤器出口烟气流速通常为10m/S，省煤器灰斗除灰占总灰量的5%，而SCR反应器内烟气流速约为4~6m/s，势必形成一定程度的积灰。为保证SCR催化剂的催化效果，在SCR内配置的吹灰器将会把积灰吹入空预器，在空预器内会形成堵灰。此外，加装SCR脱硝装置后，空预器段烟气负压增加较多，漏风压差增加，通常空气预热器漏风率增加0.8%~1.5%。