主角和哲平来到珊瑚宫，主角成为剑鱼二番队队长，哲平作为顾问成为主角的秘书一类的角色。然后主角带着队里的人一起进行了一次次与幕府军的战斗，但是在战斗中，主角注意到了邪眼的存在。追查线索后，主角带着队伍来到了工厂，结果被伞兵团灭，为了将主角送出去，剑鱼小队的成员全灭。这是因为哲平贪恋力量，将主角的情报告诉了愚人众，但是愚人众出尔反尔，哲平被伞兵杀死。而主角只能逃跑。
逃离的主角刚好遇到的神子，为了给剑鱼的部下报仇，主角配合了神子的计划。而另外一边，愚人众的散兵利用邪眼将幕府军的人变成了一个个移动的崇神炸弹。主角与宵宫等人回合后得知，伪造神之眼的人是愚人众的，而伪造出来的神之眼就是邪眼，吸纳了大量邪眼的神像削弱了雷神的力量。
而散兵利用自己与雷神本是一体的联系，让雷神无法使用神之心的力量，女士配合散兵，通过威胁成功制服了雷电将军，女士离去，而散兵要留下和雷神算旧账。
发现大事不妙的九条找到珊瑚宫，想要求和一起击败愚人众，但是愚人众在反抗军埋下的暗线想要将几人一网打尽。关键时刻，主角净化了邪眼爆炸放出的崇神力量，反抗军与幕府军一起攻进了雷电将军的府邸，击败了散兵，净化了神像，救出了雷电将军。
雷电将军看到了人类的进步，于是将权利下放，许可信仰自由，自己作为类似现代天皇一样的角色退居幕后，并将无想的一刀传授给万叶。闭关锁国结束，眼狩令结束，稻妻进入了人的时代。
逃离的主角刚好遇到的神子，为了给剑鱼的部下报仇，主角配合了神子的计划。而另外一边，愚人众的散兵利用邪眼将幕府军的人变成了一个个移动的崇神炸弹。主角与宵宫等人回合后得知，伪造神之眼的人是愚人众的，而伪造出来的神之眼就是邪眼，吸纳了大量邪眼的神像削弱了雷神的力量。
而散兵利用自己与雷神本是一体的联系，让雷神无法使用神之心的力量，女士配合散兵，通过威胁成功制服了雷电将军，女士离去，而散兵要留下和雷神算旧账。
发现大事不妙的九条找到珊瑚宫，想要求和一起击败愚人众，但是愚人众在反抗军埋下的暗线想要将几人一网打尽。关键时刻，主角净化了邪眼爆炸放出的崇神力量，反抗军与幕府军一起攻进了雷电将军的府邸，击败了散兵，净化了神像，救出了雷电将军。
雷电将军看到了人类的进步，于是将权利下放，许可信仰自由，自己作为类似现代天皇一样的角色退居幕后，并将无想的一刀传授给万叶。闭关锁国结束，眼狩令结束，稻妻进入了人的时代。
说真的。这次剧情给我整无语了。真的有种玩不下去的感觉了
派蒙
