2016年，“食品安全中心“和“地球正义”组织，代表渔业资源研究所、太平洋海岸渔民协会联合会、卡斯卡迪亚荒地、生物多样性中心、生态行动中心、食品和水资源观察、地球之友，快乐湾之友、金门三文鱼协会和奎诺特印第安人部落等，起诉FDA批准有史以来第一个商业化转基因动物——大西洋三文鱼。该三文鱼的生长速度是野生三文鱼的两倍，它是由AquaBounty Technologies公司开发的，是世界上首个被政府批准用于食品的商业化转基因动物。

2020年11月5日，美国加州北区联邦地区法院判决FDA批准转基因三文鱼违反了环境法。法院裁定FDA批准转基因三文鱼以及在美国和世界各地养殖和推销的计划，忽视了其给环境带来的严重后果，这违反了“国家环境政策法”。
法院还裁定，FDA单方面认定转基因三文鱼不会对高度濒危的野生大西洋三文鱼产生任何可能的影响，这是错误的，违反了“濒危物种法”。法院下令FDA从头来过，彻底分析转基因三文鱼逃逸到野外会带来的环境后果。

法院认为FDA未能考量和研究这种新型转基因鱼的环境风险。当转基因三文鱼逃逸或被意外释放到环境中时，这些新的物种可能会与濒临灭绝的野生三文鱼种群交配，并与它们争夺稀有资源和栖息地、引入新的疾病，从而威胁到野生种群。
法院还驳回了FDA的辩解，即FDA认为它没有被授权考量包括转基因三文鱼在内的转基因动物对环境的不利影响。法院认定FDA必须在其决策中考虑环境风险。
该诉讼还强调了FDA未能保护环境、并按照联邦法律的要求在评审过程中咨询野生动物保护机构。美国大西洋三文鱼和多种太平洋三文鱼正处于灭绝的危险中，受到《濒危物种法》的保护。