西藏自古以来就是中国的一部分，是几千年来中华民族逐步大融合的成果。现在的西藏部分，自元朝开始归属中央政权，明朝时则册封了西番五王等佛教领袖，清朝康熙五十七年清军入拉萨，雍正时期设置驻藏大臣，乾隆时期在清军击退廓尔喀入侵西藏后颁布《钦定藏内善后章程》，实行金瓶掣签制度选举转世活佛，进一步完善了对西藏的管理。新中国对西藏的治理则是更好更完善，西藏的建设也是日新月异。国内历史学者在研究明朝时期西藏历史时，首先强调明朝在西藏的主权，然后叙述明朝与西藏的朝贡关系、分封法王、茶马交易等，总之主体思想都是强调西藏自古以来就属于中国。这句话当然是没错的，但研究历史更应该结合当时的形势进行分析，不应该过多夹杂现代人的思维。
国内历史学者在研究明朝时期西藏历史时，个人认为大多都有两个不合适的地方，也许是为了牵强附会而勉强地表达。第一个问题是，很多历史学者在研究明藏关系时，把藏地和西藏混为一谈，让读者分不清楚产生混淆。自古到现在，藏族并不只是在西藏和青海，在甘肃、四川、云南等地都有。在元明时期，现在的西藏部分称为乌斯藏，现在的甘孜自治州和昌都地区称为朵甘思，现在的甘南、青海东北部和川北松潘属于安多藏区。安多藏区是明朝实际控制地区，有驻军和建置的，设置有岷州卫、河州卫、西宁卫、松潘卫。这四个卫属于明朝直接管理的重要军事卫所。而乌斯藏和朵甘思则不是明朝实际控制地区，这两地与明朝只是有朝贡关系。明朝的茶马交易也主要是在安多藏区进行，明朝史料中有关藏族的活动也大多是在安多藏区。而不少历史学者拿着明朝在安多藏区的治理资料来论述对西藏的主权，这是不合适的。要知道，河州、西宁等地自北宋时王韶就打下了这些地方，河州、西宁离中原地区也是非常近，而离西藏则还很远，况且这本来就是明朝的直属地区，当然有主权。明朝史料中的“吐蕃”也不是只指西藏，而是指安多、朵甘、乌斯藏等所有藏区，并且更多时候指的就是安多藏区。元朝设置的吐蕃宣慰司就是在河州。
第二个问题是拿明史中的“故西陲宴然，终明世无番寇之患”来说明明朝对西藏的治理效果。个人认为这个观点完全是不合理的。历史上除了唐朝时期吐蕃对中原有战争威胁以外，其他时候都没有侵犯过中原地区，怎么能拿这个来说明治理效果呢？况且这句话也不是完全准确，明朝时西番虽然没有大的纠纷，但有过小规模的西番抢掠河州岷州事件。
研究明实录和明史中会发现关于乌斯藏的记录只有朝贡记录，完全没有施政行为，更没有派驻官员和军队。明朝君臣对乌斯藏几乎是无知的。1565年辛夏巴占领整个后藏，明朝完全不知。索南加错在面对教派纷争需要支持时首先想到的是蒙古俺答。明朝后期和硕特蒙古进入乌斯藏和康区，明朝政府也是完全不知道。谭其骧谭老在《历史上的中国与中国历代疆域》一文中也提到，明朝对青藏高原的统治是很虚弱的，实际统治是谈不上的。西藏当然是中国的一部分，但明朝对西藏的关系则只是一种虚的名义上的。