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【图文】在CentOS下安装并行lammps教程



每当这个时候，就有很多新接触lammps的同学来询问 【lammps要怎么安装啊？】我【是小白，第一次接触linux，零基础怎么安装lammps】等。
我看到吧里有一篇在Ubuntu下安装lammps的帖子 --->
【 http://tieba.baidu.com/p/4381643613】 @错位的自伴算子
写的已经很详细了
虽然都是linux，但是CentOS和Ubuntu还是有一点区别的 下面我就分两种情况来讲解怎么安装lammps，一是【有root权限】，第二种是【没有root权限】。


首先在lammps官网下载lammps的安装包



接下来下载FFTW和MPICH
这两个软件在百度搜索后第一个网页就是
我是在linux下直接下载的，服务器网速快嘛


全部下载好以后就进行安装，首先讲【有ROOT权限的安装】


以root的身份登录，讲下载好的fftw和mpich复制到root的根目录下
[root@mol ~]# cp /home/lmp_demo/fftw-3.3.8.tar.gz .
[root@mol ~]# cp /home/lmp_demo/mpich-3.2.1.tar.gz .
根据自己的username上述修改命令


安装fftw
首先解压fftw安装包
[root@mol ~]# tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz

会出现一个fftw的文件夹
进入文件夹
[root@mol ~]# cd fftw-3.3.8/

配置
[root@mol fftw-3.3.8]# ./configure

编译
[root@mol fftw-3.3.8]# make
可以根据实际情况设置多核心编译比如 使用56个核心进行编译[root@mol fftw-3.3.8]# make -j 8

安装
[root@mol fftw-3.3.8]# make install

完成这三步，fftw就算是安装好了


安装mpich
这跟之前安装fftw是一模一样的
先解压，然后
配置--->编译--->安装
[root@mol mpich-3.2.1]# ./configure
[root@mol mpich-3.2.1]# make -j 56
[root@mol mpich-3.2.1]# make install




mpich安装完成


安装lammps之前，可以试一下mpich安装好了没有
比如在命令行输入mpicx，按table键看能否自动出现mpicxx这个命令，如果没有，可以重新登录下，还是没有就说明mpich没有安装成功，需要重新安装【可能是PATH的问题，但应该不会有人把usr等目录在PATH中删除】


安装lammps
解压lammps安装包
[lmp_demo@mol ~]$ tar -zxvf lammps-stable.tar.gz

为了以后方便，我们把解压后的目录名改为lammps-install
[lmp_demo@mol ~]$ mv lammps-22Aug18/ lammps-install

进入lammps src目录
[lmp_demo@mol ~]$ cd lammps-install/src/
执行make yes-all和make no-lib这两条命令，第一个命令的意思是编译lammps时安装所有包，第二条命令是取消需要外链的包
[lmp_demo@mol src]$ make yes-all

[lmp_demo@mol src]$ make no-lib

然后输入 make mpi -j 32就可以编译了，这条命令的意思是用32个核心编译lammp主程序
[lmp_demo@mol src]$ make mpi -j 32
耐心等待编译过程，用32个核心应该不慢，我这用了大概1分钟的样子。
下面是编译结果

生成了lmp_mpi文件，这个就是lammps主程序
大功告成


为了以后方便使用lammps，可以将lammps的主程序路径加入PATH
在命令行输入cd，然后回车进入用户根目录
修改.bashrc文件
[lmp_demo@mol src]$ cd
[lmp_demo@mol ~]$ vi .bashrc

我们在这个文件的最下面添加如下命令，注意vi编辑器的使用，先按i键，然后将光标移动到最后一行进行输入
export PATH=~/lammps-install/src:$PATH

然后按esc，冒号，wq，回车
回到命令行界面后，键入如下命令
[lmp_demo@mol ~]$ source .bashrc
以后就可以直接输入lm后，不出意外再按table键就可以出现lmp_mpi了

运行成功
ctrl+c退出lammps
接下来试一下并行
我们到lammps自带的例子中看一下
[lmp_demo@mol ~]$ cd lammps-install/examples/melt/
并16个核心运行
[lmp_demo@mol melt]$ mpirun -np 16 lmp_mpi < in.melt

完美运行~~


好啦，到现在为止，在有root权限下安装并行lammps就已经完成了，有时间在写无root权限的安装，累累累


膜拜大佬，make -j 56厉害了


请问卡在lammps并行安装最后一步是怎么回事？？？
$ sudo make mpi -j
make[1]: Entering directory `/home/xxx/lammps/src'
Gathering installed package information (may take a little while)
make[1]: Leaving directory `/home/xxx/lammps/src'
Compiling LAMMPS for machine mpi
make[1]: Entering directory `/home/xxx/lammps/src/Obj_mpi'
make[1]: Leaving directory `/home/xxx/lammps/src/Obj_mpi'
make[1]: Entering directory `/home/xxx/lammps/src/Obj_mpi'
mpicxx -g -O3 -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64 -DLMP_USER_OMP -DLMP_USER_INTEL -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -c ../compute_erotate_sphere.cpp
make[1]: mpicxx: Command not found
make[1]: *** [compute_erotate_sphere.o] Error 127
make[1]: Leaving directory `/home/xxx/lammps/src/Obj_mpi'
make: *** [mpi] Error 2
换了个命令，也不行
$ sudo make mpich -j
make: *** [mpich] Error 1


楼主，按您的安装教程可以使用集群计算嚒


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