作为一个剧情党，我十分看重游戏的剧情。而暗黑修仙这款页游的剧情一直令我记忆犹新，所以时隔多年后，我再次玩了这款游戏，目的是完整地体验游戏的剧情。（当然惭愧地说，我玩的是盗版，因为官服已经全关服了）
从前，主角与西子、夏之梦一起无忧无虑地居住在青鸾峰上，可是有一天，妖兽袭击了青鸾峰，于是心中的愤怒指引主角踏上征程。琼华派的弟子救下了遇到袭击的人。主角在逃下山的路上，遇到了酒仙，让主角获得了力量。后来，主角与海棠姑娘无意中发现了魔剑仙与神秘人的对话——他们竟是要用大量的人命来实现自己的计划。不幸地是，主角不慎被魔剑仙发现，万幸的是，主角被魔尊重楼救下，魔尊重楼告诉主角，琼华派的弟子杀妖掠夺灵力用以飞升。因为琼华派弟子救下了大家，所以主角并不相信魔尊重楼的话，来到了神木林

在神木林，主角一行人被迷雾困住了，因此他们与樰渐的宠物——勇敢和淘气一起联手吹散迷雾，却不想迷雾是蝶精采衣为了救自己中了毒娘子的毒的相公靖原而设下，主角的施法打断了蝶精的救人过程，因此蝶精被迫采取了唯一的一个办法——去找毒娘子，请求毒娘子为自己的相公解读，为此即使毒娘子把自己吃了也在所不辞。关键时刻主角赶来，消灭了毒娘子，采衣绝望道：“毒娘子一死，相公的毒就再也无人可解了。”主角劝说小蝶精正视现实，就算毒娘子吃了采衣，毒娘子也不可能兑现诺言为靖原解毒的。于是采衣自毁千年道行，换取靖原十年寿命，并让靖原忘了自己

迷雾散去，但是神木林里还设有迷阵阻止人离去，于是主角一行人前去找神木林的守护神——树精长老。主角遇到了拦路修真者，他们赶着前往山上杀妖掠夺灵力。主角遇到婕灵，称自己为少主人，说自己身上有圣灵之力，最后婕灵告诉主角，用水之灵可以破除迷阵。破除迷阵后，主角遇到修真剑客。修真剑客告诉主角，树精长老身上的灵力是青鸾峰妖兽的千倍百倍。主角质问对方为何不赶快去青鸾峰救人，对方狡辩道：“我们没有说不去救人，只是除魔卫道稍等片刻而已。”

太古时代盘古开天辟地，混沌初开，阳清为天，阴浊为地，天地分为三界：仙界、人界、魔界。盘古死后，精、气、神化成伏羲、神农和女娲，是为三皇?。三皇造神、兽、人和将五灵凝聚成五灵珠?，汇聚雷风火水土五灵之力守护三界秩序。
后有九黎族蚩尤率兽等对付人类，仙界相助轩辕黄帝和招唤五灵神对付蚩尤?。黄帝联合炎帝在逐鹿之战勇挫蚩尤，合并九黎东夷融入炎黄部族，开启人界辉煌历史。而蚩尤拼尽余力，打开异世界的通道，将残部送达异世界，这些残部在异世界逐渐修炼成“魔”，魔界也逐渐形成。自此形成仙界、人界、魔界三界鼎立之态。
而蚩尤所打开的通道，后来称为『神魔之井』，不断壮大的魔族仍穿越神魔之井侵扰人界。同时五灵神不愿回仙界或回五灵珠，且开始扰乱人间，三皇之一女娲力战五灵神，将五灵神逼回灵珠，而五灵珠也四散神州。神族占据仙界享受极乐之悦，却将人类留在人界经历磨难，在五灵神和魔族磨练下日渐强大的人类对仙界积怨已深，最终爆发起义，三皇之一天帝(伏羲)下令镇压，遭到人类顽强抵抗，天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类，女娲抗命不从，并下凡来维护人类。天帝开除女娲的神籍，派神将毁灭大地，大部分人类遭到屠杀，女娲率领人类对抗仙界，补天地，阻洪水，挽救了残存人类的命运。不久女娲力竭死去，后代一直留在人间，世代守护人类。
数百年之后，仙界元始天尊下界命天工为人界建造了鼎盛王城，汇聚天地灵力福泽人间也为仙界源源不断输送灵力，人界和仙界重归于好共同抗击魔界的入侵。仙魔两界持续了无穷无尽的战争，仙界幸得人界不断输送灵力和顶尖修仙人才，才得以和魔界对抗。但生于安乐的仙界之人渐渐不敌经历炼狱洗礼的魔族，大大小小数百场战役均未获胜。因此质疑仙界昏庸无道的传言再上尘嚣，仙界也渐渐分成两派，以太上老君为首的保守派主张选拔人界精英复兴仙界，以元始天尊为首的主战派则主张加强人界灵力的输送与魔族再定乾坤。
时不待我，我则扭转时空……
命不待我，我则逆天改命……
在此内忧外患之际，主角横空出世。故乡神秘被妖兽袭击，在寻找挚友的过程中撞破杀妖取灵的阴谋，神秘人出现的最终目的是什么？鸿钧修真者不择手段的原因是什么？一切和主角身世又有何关系？鼎盛王城究竟是仙界赐福还是一场阴谋？各地荒芜真的与王城地脉有关？渐渐紧逼，一步一步揭露的真相将是什么？仙是什么，魔又是什么？一切都留给您在暗黑修仙里细细品味，紧握拳头冲破命运的枷锁，我命由我不由天，誓要逆天而战。

在关键时刻，主角找到古藤长老，古藤长老发现主角是“少主人”，于是告诫主角仙界之人鸿钧来，让主角赶快避开。主角找到鸿钧，鸿钧说妖皆是害人之物，必须清除，此地还有一些小槐妖，为避免养虎为患，也必须一一清除。主角心生不忍，于是自告奋勇说替他代劳，实际暗地里藏起小槐妖，并劝告小槐妖：“妖精有坏的妖精，但是也有好的。人类也是一样。请不要带着怨恨活着。”后来，主角看到有流氓想要侵犯天宫仙子，主角一怒之下击退了那些流氓。小槐妖看到这些，相信主角是好人。

在问剑平原，主角遇到了杨可儿，杨可儿请求主角寻找自己的小狗——狗蛋，白发道人说小狗就在前面，并让主角找几块漂亮石头为狗蛋做项链。

后来，主角遇到了萧泽宇，她告诉主角，他和庄巍，本是仙界的侍卫，现在仙界已经堕落，一心想要杀妖取灵用于飞升，于是他们逃下凡来，现在庄巍正在奋力杀敌

主角找到庄巍，他因为那把邪剑的原因而狂暴，请求主角清理狂暴的源头。主角遇上书仙，他说蛇妖附近的妖祸之心就是狂暴的源头，希望主角毁掉妖祸之心

主角毁去妖祸之心后，遇上了鸿钧修真者，他说妖祸之心是他师父太上老君布置，用于净化巨剑封印底下的妖魔产生的怨念和邪念的，妖祸之心一毁，怨念就会重新回到妖魔体内。这时主角再次遇到逍遥大侠，他说看到风云变幻，天雷巨变。主角才知道，破除使人狂乱的妖祸之心还会打破妖魔的封印

主角跟上鸿钧，打算将功补过。鸿钧将封印之剑附上五行之力，让主角带着它前往邪剑内部，将妖魔重新封印起来

在内部，主角遇上鬼王，鬼王控诉鸿钧吸取自己灵力化为灵剑对抗他自身，指责他是卑鄙小人。主角不相信他，与鬼王打了一架。打完发现，鬼王居然是逍遥大侠的朋友，主角想，也许是鬼王和鸿钧有什么误会，于是决定去听书仙和逍遥大侠的意见

书仙说，鬼王以前的确因作恶被封印锁妖塔，但是他保证鬼王日后回归正途。逍遥大侠让鬼王回到故乡，整顿鬼界，并保证如果鬼王再度作恶，他将会亲手再次封印鬼王

主角来到鼎盛王城，此地汇聚天下灵气。主角找到琼华派接引人璇星，璇星抱怨主角来得太慢，主角解释是因为刚才问剑平原的异动。这时璇星刚好要去调查飓风崖的妖兽异动，于是主角向怀书询问，最后决定也一起去协助他们调查。

妖兽死守山路，似乎是在守护什么秘密，主角消灭几个巡逻的小妖后向无炎询问原因，无炎让主角用变身草潜入调查，在巨岩兽身上收集情报，它们说它们在收集石堆，于是琼华派的几名弟子放松了警惕，认为妖兽只是想开篝火晚会