在清末海军的基础上,先由中华民国临时政府,继由北洋政府、南京国民政府建立和统率的海军。1911年(清宣统三年)武昌起义后,清政府海军巡洋、长江舰队所属舰船纷纷起义,加入革命行列,并以此为基础,建立中华民国海军。其发展过程可分为两个阶段。
1912~1928年的海军1912年1月,中华民国临时政府在南京成立,设海军部,黄钟瑛任海军部总长,汤芗铭任海军部次长兼北伐海军总司令。4月,临时政府迁北京,增设海军总司令处。改任刘冠雄为海军总长,黄钟瑛为海军总司令。至次年7月编成第1、第2舰队和练习舰队,共有舰艇40余艘,总排水量约4万吨。对清末主要海军学堂进行部分调整:将江南水师学堂改为南京海军军官学校;福州船政学堂分为制造学校和马尾海军学校;烟台海军学堂、广东水师学堂分别改为烟台海军学校、广东海军学校;改水师练营为海军练营。1912~1913年,先后将江南船坞、大沽船坞、福州船政局收归海军部管辖。1914年12月,海军部改海军警卫队为陆战队(营)。1915年,海军部将接收之吴淞商船学校与南京海军军官学校合并,改名为吴淞海军军官学校。1917年7月,海军总长程璧光、第1舰队司令林葆怿率“海圻”等7艘舰船,由吴淞南下广州,与先期到达广州的“海琛”巡洋舰连同原驻粤2艘舰艇和后来抵粤的练习舰队之“肇和”巡洋舰共11艘舰艇参加护法。从此,海军分裂为北洋政府海军和广州革命政府海军,以后又出现东北海军。

北洋政府海军1917年7月,北洋政府(1912~1927)内阁改组,任刘冠雄为海军总长,饶怀文为海军总司令。将留北洋的舰艇重新编组为第1、第2舰队和练习舰队,主要活动于长江中、下游和福建海面。12月改海军总司令处为海军总司令公署。1918年1月,在福州船政局内组建海军飞机工程处,后改名海军飞机制造处;4月,改艺术学校为海军飞潜学校。1919年制成第一架水上飞机(至1937年共制成各种飞机20余架)。1919年7月,海军部在哈尔滨设吉黑江防筹备处。次年5月,该处改为吉黑江防公署,并以“江亨”等8艘舰艇组成吉黑江防舰队。1922年4月,吉黑江防舰队改归奉天省节制。第一次直奉战争中,海军助直反奉。1923年6月,海军陆战队在福建扩编为暂编海军陆战队第1混成旅。1924年3月,由粤北上之“海圻”等舰艇编为渤海舰队。同年,厦门船坞移归海军部管辖。1927年3月,海军总司令杨树庄率第1、第2舰队和练习舰队宣布脱离北洋政府,加入国民革命军。不久,渤海舰队为奉军吞并。至此,北洋政府海军瓦解。
广州革命政府海军1917年9月,中华民国军政府在广州成立,程璧光任海军总长,林葆怿任海军总司令。将南下各舰编为护法舰队,原广东舰艇编为江防舰队,由江防司令部管辖。1918年7月,总裁制军政府成立,林葆怿任政务总裁、海军部长兼海军总司令。1920年11月,孙中山重组军政府,任汤廷光为海军部长。任林永漠为舰队司令兼署理海军总司令。1921年5月,中华民国政府在广州成立,仍任汤为海军部长。1922年4月,海军闽、鲁两派矛盾激化,部分舰艇策划北归,非常大总统孙中山遂下令收回在粤海军军舰,任温树德为海军总司令、陈策为江防司令。6月,陈炯明叛变,海军被陈控制。1923年3月,陆海军大元帅大本营在广州成立,任陈策为海防司令、杨廷培为江防司令、温树德为舰队司令。12月,温被北洋政府收买,率“海圻”等6舰由汕头驶往青岛。1924年5月,大本营将留粤的“飞鹰”等舰编为练习舰队,潘文治任司令,归粤军总司令节制。1925年7月,国民政府在广州成立,军事委员会设海军局。1927年3月,北洋政府海军总司令杨树庄率部参加国民革命,被任为国民革命军海军总司令。随即指挥所部配合北伐军攻占淞沪、南京,后又在吴淞至山东沿海与渤海舰队多次作战。9月,成立鱼雷游击队。至此,国民政府海军辖4个舰队,共有舰艇44艘,总排水量3万余吨。1928年2月,海军陆战队成立第2混成旅,并正式组建陆战队司令部。旋又将2个混成旅缩编为2个独立旅。12月,军政部设海军署。

东北海军第次直奉战争中奉军败北后,张作霖于1922年8月在东三省保安总司令部设航警处,管辖吉黑江防舰队,筹建海防舰队。1923年1月,在葫芦岛创办航警学校。1924年东北海防舰队成立,辖“镇海”等4艘舰艇,以营口为基地;设江海防总指挥部于奉天(今沈阳),沈鸿烈兼总指挥。1926年1月,东北江海防总指挥部改组为东北海军司令部,沈鸿烈任司令。1926年11月起东北海军司令部陆续接管渤海舰队。1927年6月,改称东北海军总司令部,张作霖兼海军总司令,沈鸿烈任副司令兼代总司令,将江防、海防、渤海三舰队合并为东北联合舰队。张作霖旋组织安国军政府,任张宗昌为海军总司令,将东北联合舰队改编为第1、第2舰队和吉黑江防舰队。1928年7月,张学良任东北保安总司令兼海军总司令,将安