一切的开端，发生在平行世界的地球日本飞鸟时代（6世纪末 - 710年），文武天皇年间（公元700左右）。
最初，是被称为竹取的物语。
为获取大筒木一族远古时期植于日本的神树果实，天人辉夜降临于世。
此时，神树被人类尊为神柱顶礼膜拜，从未卷入过任何人类的战乱。神树千年结一次果，但人类的祖辈留下祖训，万万不可染指圣果。
在这个时代，各区域都拥有自己的文化与种族，佛教、道教、神道教等等都已经出现。
但是，世界上并没有太多的超自然力量，虽有鬼魅妖邪吸人精气，但完全无法干涉物理现象，只能依靠“畏”伤及精神，被崇拜的神魔也无能干涉现世甚至无法证明存在与否。
术士可以驱鬼破魔，但也抵不过热血武士的一柄钢刀；
武士锻炼自己的意志与肉体，但最强者杀尽百人也将力竭；
僧侣神侍，所持神打之术既是自我催眠；
总而言之，都没有加特效，即便有那也是精神的幻觉；
——直到，竹取物语的终结。

拒绝了诸位王公的求亲，辉夜姬却并未如神话一般奔月，而是为平定乱世吃掉了神树果实，获得了这星球上唯一也是所有的【精神干涉物质的可能性】。
在其他故事中，这力量被称为【玛那】，可以让精神干涉物质，使行为违背物理规则，比如无中生有的造物，事物的随意消除与构成。
这也即是后世的阴阳遁，可以创造万物，无所不能的术。
阴遁，精神能量为源的阴之力量，创形于无；
阳遁，生命能量为源的阳之力量，赋命于形；
就如同Fate中汇集足够玛那即能许愿的万能之釜一般，辉夜实现了自己的所有愿望。
不愿死去，因而获得不死之身，无论受到何种伤害都能复原；
想要操控一切，获得了随意操作元素的血继网罗；
想要看到更远更清晰，原先只是特殊性征的白眼获得了全视角、透视、洞察、或许还能够未来视的能力；
想要意念伤敌，八十神空击；
想要毛发化作武器，兔毛针；
想要骨头杀人，且一击必杀，共杀灰骨；
......
以及，吸收神树果实后额头开启的轮回写轮眼，自由自在地编织出空间的天之御中，随意穿梭在其中的黄泉比良坂。

凭借这份力量，她以一己之力平息了世间的战乱，被世人称之为“卯之女神”。
这时候的辉夜其实就是一个不太好控制自己，不管什么想法都会被实现的圣杯，以至于除了她自己以外，其他人也能够对其进行许愿，尤其是那些就在日本近水楼台先得月的人类，意念修改现实的力量也逐渐扩散了出去，但强度自然不能和辉夜比。
最基础的信仰就是模仿，想拥有与神明一样的力量，因而日本、也即是后世的水之国拥有着最多最复杂的血迹限界。白眼的日向一族，竹取的尸骨脉等也是这时候出现，但和辉夜其实都没有直接的血缘关系。


同时，在战乱结束后，辉夜作为【神】，在世人几乎万众一心的“女神应该有孩子”共同祈愿中诞下了一对双胞胎——羽衣和羽村。
【TV动画680话中，辉夜怀上祖之国领主“天子（テンジ，Tenji）”的孩子后，吃掉神树果实，以“无限月读”平息战乱。这个“吃果实→以无限月读平定战争→生子→变得贪婪”的顺序，实际上完全违背了出自漫画的情节：“吃果实→平定战争→生子→变得贪婪→施展无限月读”。另外漫画设定书《阵之书》中提到辉夜是禁欲者，怀上两个儿子是来自“大家的祝福”。】
两个孩子一生下来便拥有继承自母亲的能力，即意念修改现实的阴阳遁。
其中，后来的六道仙人羽衣是个多元文化爱好者。

他把这力量用来自印度神话的【查克拉】进行命名，

用佛教的六道轮回改造出了自己的【轮回眼】，

参考东方的五灵划分了查克拉的【风火雷土水】，基本奠定了后世的超自然力量查克拉体系的基础。

同时，参照天朝的西游传说打造了幌金绳、七星剑、红葫芦、芭蕉扇、琥珀净瓶，

参考日本创世神话打造了天沼矛等等......

然而，随着查克拉越来越多的扩散，女人的偏心眼让辉夜开始认为查克拉只能为自己所有。
在这可怕的控制欲下，夺取查克拉的“无限月读”诞生了。

而成也祈愿，败也祈愿。
过多的人类对她产生的恐惧和敬畏，使“卯之女神”变成了“恶鬼”，并最终导致辉夜与神树融为一体，被扭曲成了【此世间所有之恶】的集合，十尾。


对此，毫不知情的羽衣和羽村发动“六道·地爆天星”，制造出月亮将十尾封印在了上面。

足有地球八十分之一体积的月亮，制造原料就是俄罗斯的中西伯利亚高原，从此之后大陆架形状剧变。
亚洲板块北部俄罗斯中西伯利亚高原变成海洋，南部东南亚受封印时的巨大引力影响，菲律宾群岛上抬形成一片狭长的陆地，马里亚纳区域同样上抬形成一片陆地。
对比千年之后的忍界，大概如下：
火之国，身处东亚长江黄河流域，气候宜人，植被丰盛；
雷之国，身处原先的俄罗斯远东，东西伯利亚；
土之国，身处原先的西西伯利亚高原以及哈萨克区域，大片的戈壁；
风之国，青藏高原以西的中西亚，大片的沙漠；
水之国，身处日本列岛及附近岛屿；
人种方面，火之国与水之国以黑发黄肤的东亚人种为主，土之国以金发白肤的俄罗斯民族为主，风之国以黄白过度的阿拉伯民族为主，雷之国......地形和原先变化太大，种族居然类似北美印第安混合俄罗斯人种。

封印了十尾之后，羽村带领部分拥有白眼的日向族人前往月球，以伟力改造了月球环境并在此进行驻守。

羽衣成为第一任十尾人柱力，他阐名了查克拉的真理，参考日本之前的忍者精神结合其他佛道方面的东西自创了【忍宗】，以维护和平为目标维持世间的安宁与秩序。
因此，他将查克拉均分给了世间，传授给人们“相连”的力量，即使不互相交流也可理解彼此的心，希望世人利用这份力量打造和谐社会。
在羽衣作为忍术之神在世时，世间也确实是一片安详。
但是潜移默化间，无论是否他的意愿，羽衣所处的日本文化后来居上的扩张开来，一举在偶像崇拜的影响下于不到百年的时间里覆盖了整个亚洲，以至于后世的忍界无论是谁都说日语，写日文......

后来，羽衣有了两个孩子，并用印度神话里名字为他们取名。

哥哥因陀罗生来具有仙人眼，而且完全继承了六道仙人的出色天赋。从小就很优秀，被称为天才，具有强力的实力并配合着瞳力，不管多么艰难的事情他都可以孤身一人来完成。认定自己不需要他人的协助，并选择了独居的生活方式，认为力量是和平所必要的。黑发黑眼的他以及后世的宇智波都参考日本神话给自己的顶级瞳术命名，伊邪那岐，伊邪那美，天照，须佐，月读......


弟弟阿修罗继承了仙人的生命力和身体能量，从小天赋由于较低，一个人什么事都做不太好，但在自己的努力以及他人的协力下逐渐崭露头角，拥有了和因陀罗对等的实力，明白了是有大家协力帮助才能变的很强，并领悟到了“爱”是和平所必要的，掌握来自神树的木遁，能力有参考印度的【佛】。

六道仙人从阿修罗的生存方式中看到了另一种可能，并不像辉夜一样不老不死的他临终前把体内的十尾抽出，利用阴阳遁术制造了九只尾兽，并赋予他们名字。
形象参考了亚洲的各种文化，不过以日本为主，比如守鹤，猫又，矶抚，牛鬼，但也有中华的猴王孙悟空、周朝的神速之马「穆王八骏」，印度的九喇嘛。


因抽出尾兽，羽衣死去，临终前选择阿修罗继承忍宗首领。
但是因陀罗无法接受这个事实，在嫉妒心的驱使下与阿修罗大动干戈，对立的理念诱发了斗争的导火索，即使血脉被淡化，双方的子孙依然在做着无休止的斗争。而此前一直被仙人压制的人类欲望也彻底失控，查克拉第一时间被应用在了战争上，被用来更快更好的进行杀戮，各种加特效的忍术堪比现世的地球二战......
——战国时代开始。