遥远的未来，在伟大的先代巫女带领下，人类与妖怪和神灵们重新发掘了曾经遍佈宇宙的殖民地。
原本的地球被更名为“神圣博丽”，上头建立起了占据整座大陆的博丽神社
最终统御了万千世界的庞然政权，由先代巫女灵力构成的博丽大结界所守护，被称作“幻想乡”
然而，在许久以前的那场异变当中，先代永远的成为了无法移动的御神体，深藏于黄金鸟居当中，仅有其灵力依然维持着博丽结界的存续
如今，先代的皇权，由神社的高巫女议会掌控。
肩负起守护幻想乡职责的，是由火星河童神教的机械科技支持被动力巫女装和动力魔女装等等强悍武装包裹的灵梦战团、魔理沙战团等等SM们
幻想乡依然时时都爆发着无数的异变，包括被消灭了永远会再生、时不时Waagh一场、自称最强的妖精
总是想用红雾毁灭恒星，沉睡在各地行星级古洋馆的红魔王朝
被认为来自冥界，食量永无止尽的大吞噬者白玉楼舰队
。
……今天灵梦们和魔理沙们，依然在各地处理着异变。
“政委！是异变！异变啊！”
“变你大爷！！”