符合条件的小型微利企业应在2013年5月底之前，进行企业所得税年度纳税申报和汇算清缴，结清应退、应缴税款。根据《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表》（国家税务总局公告2011第64号）、《关于小型微利企业预缴企业所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第14号）和《关于小型微利企业所得税优惠政策有关问题的通知》（财税〔2011〕117号）文件的相关规定，小型微利企业纳税申报时应注意以下事项：
1.预缴申报。纳税人如在2012年首次预缴申报前完成上年年度申报及备案，且上一纳税年度年应纳税所得额低于6万元（含）的小型微利企业，可在季度预缴时减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。预缴申报企业所得税时，将《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》第9行“实际利润总额”与15%的乘积，暂填入第12行“减免所得税额”内。上一年度应纳税所得额高于6万元而不超过30万元，“实际利润总额”与5%的乘积暂填入“减免所得税额”内，即暂按20%的税率预缴企业所得税。
2.年度申报。小型微利企业进行2012年企业所得税年度申报时，符合小型微利企业条件的查账征收企业，年应纳税所得额低于6万元（含）的，可直接将年度应纳税所得额（年度纳税申报表主表第25行次“应纳税所得额”）乘以15%的乘积，填入附表五《税收优惠明细表》第34行次“符合条件的小型微利企业”当中。同样，“年应纳税所得额高于6万元（含）小于30万元的小型微利企业”按照其所得与5%计算的乘积，填入附表5“税收优惠明细表”第34行“符合条件的小型微利企业”。而所得税申报表主表上计算应纳所得税额时的税率仍然是25%。
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