民族英雄郑成功在收复台湾的当年病逝，葬于台南洲仔尾。他的儿子郑经、孙子郑克塽先后继任延平郡王，在台岛继续与满清王朝对峙。康熙帝曾数次派员招抚谈判，谋求和平统一，但均遭拒绝。康熙二十二年(一六八三年)六月，清军跨海东征，郑军战败，郑克塽终于作了明智的抉择——归顺。康熙帝以宽大为怀，不计前仇而外，原郑氏君臣一律量才录用，封官加爵。康熙三十八年(一六九九年)春，郑克塽奏请，以台湾辽海，祭扫不便，乞将祖父郑成功迁葬内地。康熙帝欣然准允，降旨“遣官护送成功及子经两柩，归葬南安，置守冢建祠祀之”。同年五月下旬，郑成功灵榇横渡海峡，以礼安葬在福建南安县水头康店村郑氏祖茔。康熙皇帝还曾亲书了挽联一副：
四镇多二心，两岛屯师，敢向东南争半壁；
诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠。
上联的意思是：清军南下，明朝军政大员各各临难心变，郑成功不屈不挠，囤兵厦门、金门坚持抗清，还曾率军北伐，所向披靡，一举包围江宁(今南京)，江南震动。下联的意思是：随着清军推进，南明的几个小朝廷，如福王朱由崧、唐王朱聿键、鲁王朱以海、桂王朱由榔相继覆灭。郑成功以台湾为反清复明的基地，在狭小地域高尚其志，忠贞自持。于满清王朝而言，郑成功是仇寇劲敌。康熙皇帝不愧英明之主，襟怀宽大，谅解郑成功的各为其主，曾说过“郑成功系明室遗臣，非朕之乱臣贼子”的话，在挽联中盛赞其“孤忠”与业绩，敬佩之心溢于言表。