李耀慈将军返回国内投军后起步就是训练总监部炮兵监少校监员,后来还在炮兵第8团和军事委员会军事交通研究所服务过,在训练总监部总务厅中校处员任上考入中央军校高教班第四期学习,抗战全面爆发后不久训练总监部改组为军训部,他升任总务厅中校代理科长,不久又抽掉到军事委员会战时干部第1团当中校兵器教官,在那里考取了陆军大学正则班第十七期,毕业后进入杜聿明集团服务,历任昆明防守司令部参谋处副处长、第5集团军高级参谋和参谋处处长、昆明防守司令部第2处(情报)处长,升任少将职。抗战胜利后他也就调往东北,在东保担任高级参谋和副参谋长,在外派为东北第6保安区(本溪)司令任上被陈诚以“弃守领土“罪撤职查办并判刑,随后获释前往昆明。何绍周的第6编练司令部(由云南警备司令部改组而成)成立后他被起用为第1处处长,主管总务和人事。何绍周带领亲信骨干和编组完成的第49军前往贵州后,第6编练司令部司令官由李弥接任,他将李耀慈提拔为副参谋长并仍兼任第1处处长。1949年12月9日卢汉宣布起义,在昆明城内第6编练司令部的李耀慈在上司、参谋长卓立的劝说下一同参加响应起义。