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《秦殇》的缺陷是如此众多且明显……
1、秦殇在音乐的制作上很粗糙，曲目少，很多地方的背景音乐是共用的，风格又千篇一律，关键是，都类似一种主题音乐而没有具体的针对性，只适合用来表现主角的心境，听上去都像扶苏那颗痛苦而迷茫的心不顾周围场景的变换而不停呻吟着。
2、画面不美。到处一派荒凉，回想起每座城市都能嗅到乡间茅厕的气味。虽然着意表现民生凋敝，毕竟应该照顾玩家的感官；况且自然景观也没有装点应有的奇花异树、流泉山石，刻画这些其实更能反衬出当时的社会啊，难道泰山也被赵高压得没有生色了么？
3、装备系统单薄，物资匮乏，能够买和打造出的物品属性普遍偏低，而且似乎与标明的级别不匹配，有种牵强的感觉，亟待丰富。
4、NPC设计不敬业。山海经里的异兽成百上千，为什么只有虎蛟、狍鸮、善翼、朱厌四种出现呢？无论走到哪里，一下地洞就是一群虎蛟！
5、支线任务的设计花了很多笔墨，但主线弱。扶苏认为必须做的那几件事几近疯傻，有些是为了让主角走地图强行安排。桓峰设计为被赵高以邪术控制，这是无法得出结局中“为了权势出卖兄弟”的结论的，事先勾结、利用、预谋背叛的话要合理很多，且能由此引发很多有份量的任务，丰富主线情节。发重誓给田纲一半财宝，也应该对他有所答复。
6、结局不精彩。虽然多种，但都过于低调，谋求与历史一致而无创意。触发条件也不清晰，与各角色及支线的衔接和呼应太少。你就是让张良、韩信都阵亡了，结语里也照样说“与张良、韩信等人一起南征北战，终于一统天下”。
声望值在情节演变上也没发挥作用，没有邪结局。例如可作如下设计：扶苏从李斯和赵高身上得到启发，实际控制了刘邦，使得“汉承秦制”，将被战火破坏的大秦文明保存了下来，影响了后世的文化。