分子生物吧
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本吧讨论的范围是分子生物以及相关内容。

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  • 自然学科
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    用DNA取代传统的电脑元器件储存、读取信息有诸多缺点,那如果用其他长链+挂坠式的高分子有机化合物呢?
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    如何验证TRIM56与YBX1相互作用? TRIM56-YBX1互作机制揭示神经损伤修复新靶点 研究亮点: 1️⃣ 调控机制解析 通过泛素-蛋白酶体抑制剂(MG132)特异性实验,首次证实神经元中YBX1蛋白稳态受泛素化降解途径调控,为靶向YBX1的药物开发提供理论依据。 2️⃣ 关键互作验证 综合运用IP-MS、分子对接及内外源Co-IP技术,确证E3泛素连接酶TRIM56与YBX1存在强结合,且在脊髓损伤(SCI)和缺氧缺糖(OGD)模型中互作强度显著下降,提示其在病理过程中的动态调控作
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    一篇稿子的命运,质量是录用的前提;而外审的客观评价,则是影响稿子录用的关键因素。外审认为孺子可教,那就会录用,外审认为朽木不可雕,那就不会录用,就是这么简单。 所谓的关系稿,和直投稿,道理是相通的。关系稿能加快或一定程度影响外审直接认为孺子可教,这并不完全客观,有主观干预成分。而直投,则需要寻找到认为孺子可教的杂志和外审,劣势在于需要更多时间,而优势也很明显,则是客观公正公开。 去伪寻真,不造神话,
    shiqiankj 3-23
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    《PNAS》解读:USP8如何稳定GPX4? 铁死亡调控:USP8如何稳定GPX4?🔬 🌟 研究亮点:铁死亡是一种新型细胞死亡方式,而GPX4是其关键调控蛋白。揭示了USP8在调控GPX4蛋白稳定性中的重要作用! 🔍 关键发现: 1️⃣ 敲低USP8降低GPX4蛋白水平 通过WB实验发现,敲低USP8显著降低了GPX4蛋白表达(图1a-b),但不影响其RNA水平(图1c)。使用抑制剂也得到了类似结果(图1d)。👉 提示:USP8可能在翻译后水平调控GPX4! 2️⃣ GPX4的功能验证 构建GPX4 WT及其酶促失活
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    求喜树基因数据库 有偿
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    TRIM25如何通过泛素化调控ITPKB的稳定性 TRIM25(泛素连接酶)通过给ITPKB蛋白“贴标签”(K48泛素化),让它被蛋白酶体“吃掉”,从而调控细胞存活和氧化应激! 📌 机制解析 1️⃣ TRIM25是“清洁工”还是“杀手”? 敲低TRIM25 → ITPKB蛋白堆积(图2a-b)→ 细胞存活率↑、ROS↓(图2l-m) 过表达TRIM25 → ITPKB被“清理”→ 细胞更易死亡 💡 结论:TRIM25是ITPKB的“杀手”,控制其稳定性! 2️⃣ 蛋白酶体:细胞里的“垃圾处理厂” 加入MG132(蛋白酶体抑制剂
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    如何鉴定泛素修饰类型和靶蛋白的修饰位点? 1. 使用HA-Ub-WT/KO泛素修饰系统检测修饰类型 步骤: HA-Ub-WT和HA-Ub-KO系统:使用HA标记的野生型泛素(HA-Ub-WT)和赖氨酸突变型泛素(HA-Ub-KO,如K6R、K11R、K27R等)载体,与泛素连接酶(E3)和修饰底物共转染细胞。 CoIP-WB检测:通过免疫共沉淀(CoIP)和蛋白质印迹(WB)检测底物的泛素化水平,明确E3连接酶对底物的泛素修饰类型。 小贴士: HA-Ub-KO系统可以帮助排除特定赖氨酸位点的泛素化作用。 通过对比不
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    CARM1与HIF1A存在关联并直接相互作用 第一步:筛选CARM1的互作蛋白 用anti-Flag-CARM1 IP-MS技术鉴定CARM1的互作蛋白,结果发现CARM1和HIF1A有“关联”!🔗 (图1a:CARM1和HIF1A的互作初步证据) 第二步:验证CARM1与HIF1A的相互作用 在常氧和缺氧条件下做了Co-IP实验,结果CARM1和HIF1A真的互作!🤝 GST pulldown实验也进一步证实了这一点! (图1b-g:Co-IP和GST pulldown实验结果) 第三步:确定互作的具体位置 为了搞清楚CARM1和HIF1A的互作细节,构建了CARM1的截短载体: EVH1
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    分子互作蛋白如何筛选? 🔬国刊之光《STTT》:分子互作蛋白筛选,从机制到验证全流程。 🌟 STEP1:锁定调控层级——先排除转录干扰! ✔️ 现象:复发性组织+TMZ耐药细胞中,ITPKB蛋白(非mRNA)显著升高(图1a-b)→暗示是转录后调控(比如降解减少/稳定性增加)。 💡 划重点:若mRNA与蛋白表达趋势不一致,优先考虑翻译后修饰(泛素化、磷酸化等)或蛋白互作调控! 🌟 STEP2:互作泛素酶筛选——CoIP-MS挖出关键“剪刀手” 🔎 技术流:用CoIP-MS钓
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    DCAF7通过抑制G3BP1的K48链多泛素化来稳定G3BP1蛋白 1. 筛选DCAF7的互作蛋白G3BP1 步骤: IP-MS分析:为了探索DCAF7在鼻咽癌(NPC)进展中的作用,进行免疫沉淀-质谱(IP-MS)分析,筛选出DCAF7的潜在互作蛋白(图1a)。 生物信息学分析:通过STRING数据库和Cytoscape MCODE分析,发现G3BP1位于排名最高的蛋白簇中心(图1b)。G3BP1是一种应激颗粒(SG)组装因子,在癌症进展中起重要作用。 Co-IP验证:外源性和内源性Co-IP实验证实了DCAF7与G3BP1的相互作用(图1c)。 小贴
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    第一步:DCAF7和USP10的“牵手”🤝 之前的研究发现,DCAF7可以抑制G3BP1的泛素化,从而让它更稳定。那么问题来了:DCAF7是不是通过招募一个“去泛素化小能手”来帮G3BP1“续命”呢? 果然!通过IP-MS实验,我们发现USP10(一种去泛素化酶)是DCAF7的潜在合作伙伴。外源性和内源性Co-IP实验都证实了这一点(图2a-b)!DCAF7和USP10真的可以相互作用! 第二步:USP10是G3BP1的“稳定剂”⚖️ 接下来,我们研究了USP10对G3BP1的影响。 敲低USP10后,G3BP1的蛋白水平明
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    DCAF7通过抑制G3BP1的K48链多泛素化来稳定G3BP1蛋白 1. 筛选DCAF7的互作蛋白G3BP1 步骤: IP-MS分析:为了探索DCAF7在鼻咽癌(NPC)进展中的作用,进行免疫沉淀-质谱(IP-MS)分析,筛选出DCAF7的潜在互作蛋白(图1a)。 生物信息学分析:通过STRING数据库和Cytoscape MCODE分析,发现G3BP1位于排名最高的蛋白簇中心(图1b)。G3BP1是一种应激颗粒(SG)组装因子,在癌症进展中起重要作用。 Co-IP验证:外源性和内源性Co-IP实验证实了DCAF7与G3BP1的相互作用(图1c)。 小贴
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    泛素修饰类型和靶蛋白修饰位点 泛素修饰类型和靶蛋白修饰位点如何鉴定泛素修饰类型和靶蛋白的修饰位点? 1. 使用HA-Ub-WT/KO泛素修饰系统检测修饰类型 步骤: HA-Ub-WT和HA-Ub-KO系统:使用HA标记的野生型泛素(HA-Ub-WT)和赖氨酸突变型泛素(HA-Ub-KO,如K6R、K11R、K27R等)载体,与泛素连接酶(E3)和修饰底物共转染细胞。 CoIP-WB检测:通过免疫共沉淀(CoIP)和蛋白质印迹(WB)检测底物的泛素化水平,明确E3连接酶对底物的泛素修饰类型。 小贴士: HA-Ub-K
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    XFD660 马来酰亚胺是硫醇反应性染料,用于标记巯基,。XFD660 适合成像和流式细胞术应用。在pH 4-10范围内荧光不受影响且光稳定性好。XFD660 的马来酰亚胺衍生物通常用于与蛋白质、寡核苷酸或低分子量配体上的硫醇基团结合,产生的结合物与其他光谱相似的荧光团相比,荧光亮度明显更高,光稳定性更强。 马来酰亚胺在中性条件下很容易与蛋白质、经巯基修饰的寡核苷酸和其他含巯基分子中的巯基发生反应。所得的染料偶联物相当稳定。 AF660马来酰
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    一、百萤AF700 NHS 酯 *与 Alexa Fluor 700 NHS 酯的结构相同*参数 Ex(nm) 696 Em(nm) 719 分子量 ~1400 溶 剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存,避光防潮 反应基团 NHS酯 二、百萤AF700 NHS 酯 *与 Alexa Fluor 700 NHS 酯的结构相同*优势 1.易于结合:高效地将伯胺标记在蛋白质、抗体和胺修饰的寡核苷酸上 2.荧光明亮且稳定:在pH 4-10范围内荧光不受影响且光稳定性好 3.亲水性好:减少聚集,提高信号清晰度,适用于高级成像和活细胞研究 三、百萤AF700 NHS 酯 *与 Alexa Fluor 700 NHS 酯
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    肝细胞癌(HCC)是一种与慢性肝病和肝硬化密切相关的原发性肝脏恶性肿瘤。目前,免疫治疗和化疗是HCC患者最好的治疗选择,但大多数HCC患者在手术切除或消融后复发。因此,迫切需要更有效的治疗选择,而分子靶向治疗是一种很有前景的方法,可以提供更好的结果,降低全身毒性,减少副作用。 2024年8月,广州中医药大学研究团队在Advanced Science(IF=14.3)上发表了题为“Ponicidin Promotes Hepatocellular Carcinoma Mitochondrial Apoptosis by Stabilizing KEAP1-PGAM5 Complex
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    蛋白DNA互作组ChIP-Seq原理,要点,优劣势。 ChIP-Seq检测原理: ChIP-Seq检测原理和RIP-Seq类似,不同的是前者利用目的蛋白抗体将相应的DNA-蛋白复合物沉淀下来,然后分离纯化捕获DNA,结合高通量测序技术对目标DNA进行测序分析。 ChIP-Seq服务要点和RIP-Seq类似,精简如下: (1)试验设计:同RIP-Seq。 (2)蛋白表达和细胞量:比RIP-Seq细胞用量要求大,建议不少于10e7(金标准:320g离心沉淀100ul)。 (3)抗体关键质控:同IP-Mass和RIP-Seq。 (4)IP送样建议:细
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    一、百萤 AF568酸 等同于Alexa Fluor 568acid参数 Ex(nm) 579 Em(nm) 603 分子量 807.74 溶剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存,避光防潮 荧光颜色 红色 二、百萤 AF568酸 等同于Alexa Fluor 568acid适用范围 主要用于标记抗体、蛋白质和寡合苷酸 三、百萤 AF568酸 等同于Alexa Fluor 568acid概述 AAT Bioquest 生产的XFD 568 酸与AlexaFluor®568酸的分子相同,是一种明亮的红色荧光染料,在pH 4-10范围内荧光不受影响且光稳定性好。适用于多色荧光显微镜、流式细胞术和dSTORM等先进成像技术。
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    PHLDA2与ALOX12相互作用 一、确定ROS铁死亡系统的相互作用分子 通过SFB标签抗体,进行IP-MS和IP-WB发现PHLDA2与ALOX12互作(图1a、b)。进一步通过内源抗体Co-IP双向验证PHLDA2与ALOX12存在相互作用(图1c-d)。而免疫荧光共定位实验发现PHLDA2和ALOX12能够同时共定位于细胞质(图1e),进一步佐证了PHLDA2-ALOX12复合体的存在。 二、确定PHLDA2和ALOX12互作特异性 PHLDA2属于PH样结构域家族A,包括PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3(图1f)。Co-IP实验分析发现,PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3中,只有PHL
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    DCAF7使USP10在K76处去泛素化G3BP1,最终通过泛素-蛋白酶体途径阻止G3BP1的降解 第一步,USP10的去泛素化酶活性对于G3BP1的去泛素化至关重要 进一步研究显示,MG132处理恢复了USP10敲低细胞中G3BP1的表达(图3a-b)。另外,Co-IP实验发现,USP10的过表达降低了G3BP1的泛素化,而USP10催化失活突变体(Cys424Ala;C424A)则没有这种作用(图3c),说明USP10的去泛素化酶活性对于G3BP1的去泛素化至关重要。 第二步,DCAF7使USP10在K76处去泛素化G3BP1 Co-IP实验显示,DCAF7敲低导
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    Y2116是DUSP6控制Notch1活性的磷酸化位点 DUSP6对Notch1的phospho-Y2116的去磷酸化是其调控CRC细胞增殖的关键 功能回复实验显示,DUSP6通过Notch1调控结直肠癌细胞增殖(图2a-b)。随后IP-MS筛选NTM上可能被DUSP6靶向的磷酸化位点。NTM中共检测到17个磷酸丝氨酸、3个磷酸苏氨酸和2个磷酸酪氨酸,其中只有phospho-Y2116(p-Y2116)是DUSP6过表达时失去磷酸化的酪氨酸残基。此外,两个丝氨酸残基S1951和S2205在DUSP6 过表达中也失去了磷酸化。 为了确定p-Y2116、p-S1951和p-S2205在Notc
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    兄弟们!换了新课题组,跑胶真的让我心态崩了😭 做实验的小伙伴们快来帮我看看,这DNA条带怎么跑成这样了??? 为啥出现这样的条带,Marker倒是挺清晰的 DNA体系成分如下:Buffer,MgCl2,dNTPs,BioTaq,Primer F,Primer R,DNA,ddH2O,BSA 我试过的解决办法: 重新配胶 调整了电压和时间 重新提取DNA,浓度也测了没问题 但结果还是这样……我真的会谢🙃 有没有遇到过类似情况的兄弟? 是不是我的胶配比有问题?还是上样量不对? 有没有什么细节是我忽
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    DUSP6如何抑制NICD蛋白酶体降解? DUSP6抑制泛素介导的NICD蛋白酶体降解 被切割的Notch1细胞内区域作为转录激活因子,激活参与肿瘤发育的各种基因。切割的Notch1细胞内区域活性可以通过磷酸化来调节,以标记泛素介导的蛋白酶体降解。然而,没有报道任何负调节因子可以使Notch1细胞内区域去磷酸化,从而保持其细胞活性/丰度。DUSP6与NTM水平的相关性提示DUSP6可能调控NTM。 第一步,DUSP6与NTM结合 Co-IP实验显示内源性NTM可与细胞中flag-DUSP6结合;同时,内源
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    RIP-Seq原理,要点,优劣势 RIP-Seq检测原理: 细胞内蛋白RNA互作组RIP-seq检测,即免疫沉淀RNA结合测序分析检测。RIP-Seq检测原理和IP-Mass类似,不同的是前者利用目的蛋白抗体将相应的RNA-蛋白复合物(RBP)沉淀下来,然后分离纯化捕获RNA,结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。 RIP-Seq检测要点: RIP-Seq服务要点和IP-Mass类似,但要求更高,精简如下: (1)试验设计:RIP-Seq强烈建议设置实验组别和生物学重复检测。 (2)蛋白表达和细胞量:比IP-Mass
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    CoIP-Mass检测原理: 细胞内蛋白互作组CoIP-Mass检测,即免疫沉淀结合质谱分析检测,是研究细胞内蛋白互作的常规前置技术。 CoIP-Mass检测要点: (1)试验设计:尽量进行试验组别设计和进行生物学重复检测,提高后续验证的阳性率。常规过表达单组(Ab IP vs IgG IP);动态互作组学(实验组vs对照组vs Ig组)。根据目的设计适当的生物学重复。如果后续以IP-Mass数据进行互作组标准分析,则需要3-4组生物学重复;如果后续以寻找关键互作蛋白,进行机制深
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    circCFL1直接与HDAC1互作 一、初步筛选出与circCFL1的互作蛋白分子HDAC1 为了阐明circCFL1对TNBC影响的潜在分子机制,进行RNA pull down实验,对显著富集的55 kD蛋白进行质谱分析(图1a),发现HDAC1是circCFL1的高潜蛋白(图1b)。分子对接显示circCFL1与HDAC1蛋白存在物理结合(图1c)。 二、确定circCFL1与HDAC1存在互作 FISH和IF检测发现circCFL1和HDAC1在细胞核中共定位(图1d)。RNA pull down-WB实验证实circCFL1和HDAC1相互作用(图1e)。 三、确定circCFL1与HDAC1结合的特定区域 首
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    图1 分子互作机制 一、找SCARB2的互作蛋白 通过IP-MS分析发现MYC、HDAC3是潜在的相互作用蛋白(图2a)。Co-IP实验证实MYC与SCARB2和HDAC3互作(图2b-d)。Co-IP实验发现MYC和SCARB2互作位于细胞质和细胞核(图2e)。此外,Co-IP还发现SCARB2的缺失增加了HDAC3与MYC的互作,而SCARB2的过表达减少了HDAC3与MYC的互作(图2f-g)。 二、确定互作的结构域 针对MYC的结构域构建不同突变体进行Co-IP实验,MYC的CT元件和 NTD结构域负责MYC与SCARB2和HDAC3的相互作用(图2h),表明SCARB2与H
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    PHLDA2与ALOX12相互作用 一、确定ROS铁死亡系统的相互作用分子 通过SFB标签抗体,进行IP-MS和IP-WB发现PHLDA2与ALOX12互作(图1a、b)。进一步通过内源抗体Co-IP双向验证PHLDA2与ALOX12存在相互作用(图1c-d)。而免疫荧光共定位实验发现PHLDA2和ALOX12能够同时共定位于细胞质(图1e),进一步佐证了PHLDA2-ALOX12复合体的存在。 二、确定PHLDA2和ALOX12互作特异性 PHLDA2属于PH样结构域家族A,包括PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3(图1f)。Co-IP实验分析发现,PHLDA1、PHLDA2和PHLDA3中,只有PHL
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    结直肠癌(CRC)的发病机制是多方面的,涉及控制肠上皮细胞增殖、凋亡和存活的多种细胞信号通路的失调。Notch1在癌症发展中发挥多种作用,目前尚不清楚是否存在能够使裂解的Notch1跨膜/细胞内区(NTM)去磷酸化以调节其功能的磷酸酶。双特异性蛋白磷酸酶(DUSPs,也称为MAPK磷酸酶)DUSP6是否参与和调节功能尚不清楚。 2024年11月,新加坡国立大学团队在Nat Commun.(IF=14.7)上发表了题为“DUSP6 regulates Notch1 signalling in colorectal cancer”的研究成果。发现DU
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    iFluor 647琥珀酰亚胺酯对标记蛋白质(特别是抗体)进行了优化。这些染料明亮、光稳定,并且对蛋白质的猝灭作用最小,是与蛋白或抗体偶联的常用工具。NHS 酯可用于标记蛋白、胺修饰的寡核苷酸和其他含胺分子的伯胺 (R-NH2)。 图示 图1.用小鼠抗微管蛋白染色HeLa细胞,再用iFluor647山羊抗小鼠IgG (H+L)(红色)染色;细胞核用DAPI染色(蓝色)。 图2.HeLa细胞与小鼠抗微管蛋白孵育,再分别与iFluor647山羊抗小鼠IgG偶联物(红色,左)或AF647山羊抗小鼠IgG(
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    Keap1是小胶质细胞中USP7去泛素化的直接底物 第一步,筛选USP7底物蛋白 基于氨基酸的稳定同位素标记(SILAC)蛋白质组学,其中5种在EB处理后显著下调(图2a)。其中,Keap1在炎症过程发挥关键作用。因此,推测Keap1可能是USP7激活小胶质细胞的潜在底物蛋白。放线菌酮(CHX)细胞,发现EB依赖的Keap1降解明显加快(图2b)。 第二步,验证USP7与Keap1相互作用 Co-IP实验发现,USP7与Keap1相互作用(图2c)。免疫荧光分析显示EB通过促进USP7核转位来抑制USP7-keap1共
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    第一步,预测分析ENO1和PD-L1之间的互作 基于AlphaFold2预测分析发现位于与PD-L1相互作用界面的ENO1的四个关键残基(N52、K54、K197和E250)(图2a-b)。 第二步,ENO1的E250介导与PD-L1相互作用 对每个残基构建N52A、K54A、K197A和E250A突变体,Co-IP分析发现E250突变为丙氨酸(E250A)显著降低了ENO1与PD-L1之间的相互作用(图2c)。另外,分析还发现ENO1的E250能够与PD-L1上的R125形成临界盐桥,从而增强相互作用的稳定性(图2a)。表明ENO1的E250在介导PD-L1相互作用中的重要
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    结直肠癌(CRC)的发病机制是多方面的,涉及控制肠上皮细胞增殖、凋亡和存活的多种细胞信号通路的失调。Notch1在癌症发展中发挥多种作用,目前尚不清楚是否存在能够使裂解的Notch1跨膜/细胞内区(NTM)去磷酸化以调节其功能的磷酸酶。双特异性蛋白磷酸酶(DUSPs,也称为MAPK磷酸酶)DUSP6是否参与和调节功能尚不清楚。 2024年11月,新加坡国立大学团队在Nat Commun.(IF=14.7)上发表了题为“DUSP6 regulates Notch1 signalling in colorectal cancer”的研究成果。发现DU
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    HIF1A是一种激活基因转录的转录因子。CARM1与HIF1A互作,推测HIF1A/CARM1构成了一个激活复合体,其功能是促进基因转录。 第一步,CARM1与HIF1A形成一个复合体,结合到下游靶标启动子区 为了探究HIF1A与CARM1互作的功能意义,分别在常氧和缺氧条件下,进行anti-CARM1和anti-HIF1A ChIP-qpcr实验,结果显示CARM1和HIF1A共同占据了这些靶标(图1a-b)。 第二步,CARM1与HIF1A形成一个复合体,结合到下游靶标启动子区 为了验证关于CARM1和HIF1A作为蛋白复合物占据目标启动子的
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    HIF1A是一种激活基因转录的转录因子。CARM1与HIF1A互作,推测HIF1A/CARM1构成了一个激活复合体,其功能是促进基因转录。 第一步,CARM1与HIF1A形成一个复合体,结合到下游靶标启动子区 为了探究HIF1A与CARM1互作的功能意义,分别在常氧和缺氧条件下,进行anti-CARM1和anti-HIF1A ChIP-qpcr实验,结果显示CARM1和HIF1A共同占据了这些靶标(图1a-b)。 第二步,CARM1与HIF1A形成一个复合体,结合到下游靶标启动子区 为了验证关于CARM1和HIF1A作为蛋白复合物占据目标启动子的
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    第一步,筛选CARM1的互作蛋白 通过anti-Flag-CARM1 IP-MS鉴定与CARM1相互作用的蛋白,分析显示CARM1与HIF1A存在关联(图1a)。 第二步,验证CARM1与HIF1A相互作用 在常氧和缺氧条件下,进行Co-IP分析,CARM1和HIF1A相互作用(图1b-e)。此外,GST pulldown实验也证实CARM1与HIF1A互作(图1f-g)。 第三步,确定CARM1与HIF1A互作具体位置 构建截短载体GST-CARM1-EVH1结构域(1-140 aa)、GST-CARM1-cat(141-480 aa)和GST-CARM1-c(481-608 aa),进行GST pulldown实验,表明CARM1的EVH1结构域负责与HIF1
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    迄今,临床上仍有大量疾病缺乏安全有效的治疗药物。因此,药物创新研究的重要性日益凸显。中药虽然在临床预防治疗复杂疾病方面具有其特色和优势,但是中药有效成分及其作用靶点、机制不明确等问题仍然是中药现代化的阻碍因素,也是中药发展和走向世界的主要瓶颈之一。 2022年8月,北京大学药学院屠鹏飞/曾克武团队在Science Advances(IF=11.7)上发表题为“Neuroinflammation inhibition by small-molecule targeting USP7 noncatalytic domain for neurodegenerative disease thera
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    第一步,ENO1促进PD-L1与STUB1的结合 据报道,ENO1通过募集E3连接酶STUB1调节PD-L1的蛋白酶体降解。敲减STUB1,PD-L1表达增加(图1a)。IP-WB实验发现PD-L1泛素化降低,证实STUB1是CRC细胞中PD-L1的E3连接酶(图1a)。此外,ENO1的缺失增加了PD-L1水平,IP-WB显示PD-L1泛素化降低,重新表达WT ENO1逆转了这种效应(图1b-c)。相反,过表达ENO1可抑制PD-L1的表达,敲减STUB1,则抑制作用被消除(图1d)。另外,内源性Co-IP实验发现ENO1的缺失抑制PD-L1与STUB1互作(图1e),而ENO1过
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    第一步,ENO1存在O-糖基化修饰 越来越多的证据表明,O-糖基化会影响几种关键代谢酶的活性,从而调节细胞代谢。为了确定ENO1是否被O-糖基化修饰,化学酶标记实验发现OGA(O-连接的N-乙酰葡糖胺水解酶(O-GlcNAcase,OGA)是生物体内唯一水解蛋白质O-糖基修饰的糖苷酶。)抑制剂TMG或O-GlcNAc转移酶(OGT)过表达的情况下,O-糖基化信号显著升高(图1a)。随后用质量标记方法分析ENO1的O-糖基化水平,5kDa的PEG分子与叠氮标记的糖蛋白结合,导致WB信号的分子
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    磁力架是一款针对分子生物学、基因检测行业及细胞分离应用的磁力架,采用磁珠分离技术用于核酸的提取和纯化,可以有效的帮助研究者在提取的过程中快速高效的分离磁珠,让分离过程更直观便捷。 我们的产品均为高质量的优质产品,具有以下优点: 1.磁力稳定,不会随着使用时间导致磁力减弱。 2.磁力均匀性。 3.外表美观,进行了表面处理,非常耐用。 4.产品规格多,支持定制化服务。 5.严格的设计和制造过程。 6.均严选高质量制造材料
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    THC结合TRIP13抑制TRIP13/USP7/c-FLIP三元复合物相互作用介导c-FLIP泛素化 研究THC处理后TRIP13、c-FLIP和USP7之间的相互作用。Co-IP实验显示c-FLIP、TRIP13和USP7直接结合在一起,THC抑制了它们在TNBC细胞中的结合能力(图3f)。此外,分子对接和分子动力学分析表明,USP7、TRIP13和c-FLIP形成三元配合物,其中TRIP13是连接c-FLIP和USP7的桥梁;THC通过与ASP89和ASP84的氢键与TRIP13相互作用(图1g)。另外,THC的加入削弱了USP7、TRIP13和c-FLIP之间的总结合能和氢键相互作用(图1h-i)
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    罗丹明123是常用的线粒体染色剂,可以用于染色各种细胞,包括植物细胞和细菌;据数据分析,罗丹明123也可能是MRP1的底物。比MDR的功能检测预后指标更好。 图1.罗丹明123 CAS62669-70-9化学结构 罗丹明123 CAS62669-70-9参数 Ex(nm) 508 Em(nm) 528 分子量 380.82 溶剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存,避光防潮 罗丹明123 CAS62669-70-9适用范围 1.用于标记活细胞的线粒体,还用于测量线粒体膜电位 2.选择性地定位于癌细胞,检测癌细胞 3.用于流式细胞术中作为P-糖蛋白报告
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    第一步,确定调节YBX1表达的潜在机制---泛素-蛋白酶体降解途径 为了进一步确定调节YBX1表达的潜在机制,泛素-蛋白酶体降解途径和自噬-溶酶体途径是细胞内蛋白质降解的两种重要途径。用MG132、3MA和CQ处理原代神经元(3MA是一种广泛使用的抑制细胞自噬的抑制剂,可抑制III类PI3K;CQ通过增加酸性内体/溶酶体的pH值来破坏溶酶体功能;MG132是一种广泛使用的泛素-蛋白酶体降解途径抑制剂。),发现MG132处理后,YBX1的表达水平升高(图2a)。表明泛素-蛋
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    ✨生物科研神器 —— 离心管磁力架 科研党必备!离心管磁力架,快速分离磁性物质,提高实验效率。精准吸附,让你的实验结果更可靠。离心管磁力架,用于生物实验超方便。能有效分离样品,操作简单。助力科研人员,提升实验速度与精度。在生物科研中,离心管磁力架超实用。轻松分离,节省时间。让你的实验流程更顺畅,提高实验质量。值得拥有
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    (1)AARS1作为一种蛋白质乳酸转移酶,使用乳酸作为直接的乳酸供体 第一步,AARS1与乳酸存在结合 分子对接预测乳酸可以很容易地结合到AARS1的催化口袋上(图1a)。等温滴定量热法验证了该结果(图1b)。 第二步,确定AARS1是一种乳酸转移酶 体外乳酸化实验显示AARS1能够以依赖于乳酸和ATP的方式直接使组蛋白H3和H4乳酸化(图1c),随后的质谱分析也显示AARS1能直接在K18处乳酸化H3肽(图1d)。AARS1催化袋内氨基酸残基突变体(5M)消除了其乳酸转移酶活
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    鉴于circrna通常作为miRNA海绵发挥作用,研究了circNOLC1是否可以在CRC进展过程中与miRNA结合。Anti-AGO2 IP分析发现circNOLC1显著富集(图1a)。通过生物信息学分析,发现有7个潜在的miRNA可与circNOLC1结合,其中miR-212-5p是唯一一个报道与CRC转移相关的肿瘤抑制因子,其表达水平在CRC细胞系中显著下调。circRIP实验发现circNOLC1和miR‐212‐5p在复合物中特异性富集,与生物素偶联的miRNA pull-down结果一致(图1b-c)。双荧光素酶实验结果也证实二者存在结合(图1d)。进
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    ChIRP-MS和RNA pulldown-WB实验,发现AZGP1, DSG1和KRT16证明与circNOLC1存在互作(图1a-c)。因AZGP1在CRC中高表达,且在葡萄糖代谢中发挥重要作用,故将其作为研究对象。RIP实验发现circNOLC1在anti-AZGP1下拉物中显著富集(图1d)。为了确定circNOLC1与AZGP1互作区域,设计circNOLC1缺失突变体,进行RNA pulldown实验,表明circNOLC1的nt 91-150是circNOLC1与AZGP1相互作用必需的(图1e)。 进一步检测发现,circNOLC1仅调控AZGP1蛋白水平,用蛋白酶体抑制剂处理细胞显示MG132显著提高AZGP1

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会员: 分子生物

目录: 自然学科